Integrating phylogenetic and functional data in microbiome studies
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Microbiome functional data are frequently analyzed to identify associations between microbial gene families and sample groups of interest. This is most often performed with approaches focused on the metagenome-wide relative abundance of microbial functions. Although such approaches can provide valuable insights, it is challenging to distinguish between different possible explanations for variation in community-wide functional profiles by considering functions alone. To help address this problem, we have developed a novel, phylogeny-aware framework to expand taxonomic balance tree-based approaches to identify enriched functions more robustly. The key focus of our approach, termed POMS, is on identifying functions that are consistently enriched in sample groups across independent taxonomic lineages. Based on simulated data we demonstrate that POMS can more accurately identify gene families that confer a selective advantage compared with commonly used differential abundance approaches. We also show that POMS can identify enriched functions in real-world metagenomics datasets that are potential targets of strong selection on multiple members of the microbiome. While this framework may not be able to identify all potential functional enrichments, the enrichments it does identify are more interpretable and conservative compared with those identified by existing differential abundance approaches. More generally, POMS is a novel approach for exploring microbiome functional data, which could be used to complement standard analyses. POMS is freely available as an R package at: https://github.com/gavinmdouglas/POMS .
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,014 | 0,037 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,010 | 0,009 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».