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Enregistrement W4283735939 · doi:10.1136/jmedgenet-2021-108288

A 132 bp deletion affecting the <i>KCNQ1OT1</i> gene associated with Silver-Russell syndrome clinical phenotype

2022· article· en· W4283735939 sur OpenAlexafffund
Marie Véronique Gaudet, Éric P. Allain, Lynne M Gallant, Heleen H. Arts, Mouna Ben Amor

Notice bibliographique

RevueJournal of Medical Genetics · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Syndromes and Imprinting
Établissements canadiensDalhousie UniversityNova Scotia Health AuthorityIzaak Walton Killam Health CentreVitalité Health NetworkAtlantic Cancer Research InstituteUniversité de Moncton
Organismes subventionnairesFondation de la recherche en santé du Nouveau-Brunswick
Mots-clésGenomic imprintingGeneticsProbandBiologyPhenotypeGeneImprinting (psychology)Copy-number variationEpigeneticsX-inactivationX chromosomeDNA methylationMutationGene expressionGenome

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: Imprinting centre 2 (IC2) in the chromosomal region 11p15.5 regulates the monoallelic expression of imprinted genes by differential methylation of paternal and maternal chromosomes. Copy number variants in IC2 are associated with Beckwith-Wiedemann syndrome and Silver-Russell syndrome (SRS). Clinical outcome of IC2 deletions seems to depend on the parental origin of the chromosome, deletion size and inclusion or exclusion of enhancer and promoter regions. RESULTS: gene was found in a proband with an SRS clinical phenotype. The patient's father and paternal grandmother, who both carry the deletion on their maternal chromosome, are unaffected. Review of other IC2 deletions and their associated clinical presentation was useful in understanding the genetic-phenotypic correlation. CONCLUSION: Only six cases have been reported with deletions involving exclusively IC2, one being identical to our proband's 132 bp deletion. Our study, which is based on more extensive segregation data than the previous 132 bp deletion report, confirms the association of this deletion with growth restriction when paternally inherited. Remarkably, even though our patient has the same deletion, he has more pronounced phenotypic features; our findings thus suggest that some degree of clinical variability may be associated with this loss.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,004
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,294
Score d'incertitude au seuil0,526

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0040,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,018
Tête enseignante GPT0,281
Écart entre enseignants0,263 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2022
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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