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Enregistrement W4283763432 · doi:10.1101/2022.06.28.497982

Pou3f1 orchestrates a gene regulatory network controlling contralateral retinogeniculate projections

2022· preprint· en· W4283763432 sur OpenAlexafffund
Michel Fries, Thomas W. Brown, Christine Jolicoeur, Camille Boudreau‐Pinsonneault, Awais Javed, Pénélope Abram, Michel Cayouette

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRetinal Development and Disorders
Établissements canadiensMcGill UniversityMcGill University Health CentreUniversité de MontréalMontreal Clinical Research Institute
Organismes subventionnairesFonds de Recherche du Québec - SantéCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésHomeoboxNeuroscienceOptic nerveBiologyRetinalOptic chiasmRetinaCell biologyKnockout mouseAnatomyGeneGene expressionGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The balance of contralateral and ipsilateral retinogeniculate projections is critical for the establishment of binocular vision, but the transcriptional programs regulating this process remain ill-defined. In this study, we show that the Pou class homeobox protein POU3F1 is selectively expressed in developing mouse contralateral retinal ganglion cells (cRGCs). Inactivation of Pou3f1 increases the number of ipsilateral RGCs produced, leading to abnormal ipsilateral to contralateral projection ratio at the optic chiasm, whereas expression of Pou3f1 in retinal progenitors increases the production of cRGCs. Using Cut&Run and RNA sequencing in wildtype and Pou3f1 mouse knockout retinas, we demonstrate that Pou3f1 is necessary for the establishment of a cRGC gene regulatory network through activation and repression of several known contralateral and ipsilateral determinants, respectively. Finally, we report that POU3F1 is sufficient to induce production of RGC-like cells sending projections to the optic nerve, even in late-stage retinal progenitors not normally competent to generate RGCs. This work uncovers POU3F1 as a master regulator of the cRGC transcriptional program and opens new possibilities for optic nerve regenerative therapies.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,416
Score d'incertitude au seuil0,999

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,213
Écart entre enseignants0,203 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2022
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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