Transcriptome Profiling Reveals Molecular Players in Early Soybean–<i>Sclerotinia sclerotiorum</i> Interaction
Notice bibliographique
Résumé
Sclerotinia sclerotiorum causes Sclerotinia stem rot on soybean. Using RNA sequencing, the transcriptomes of the soybean host and the S. sclerotiorum pathogen were simultaneously determined at 4 and 8 h postinoculation (hpi). Two soybean genotypes were involved: a resistant oxalate oxidase (OxO)-transgenic line and its susceptible parent, AC Colibri (AC). Of the 594 genes that were significantly induced by S. sclerotiorum, both hosts expressed genes related to jasmonic acid, ethylene, oxidative burst, and phenylpropanoids. In all, 36% of the differentially expressed genes encoded genes associated with transcription factors, ubiquitination, or general signaling transduction such as receptor-like kinases, mitogen-activated protein kinase kinases, and hormones. No significant differentially expressed genes were identified between genotypes, suggesting that oxalic acid (OA) did not play a differential role in early disease development or primary lesion formation under the conditions used. Looking at pathogen behavior through its gene expression during infection, thousands of genes in S. sclerotiorum were induced at 8 hpi, compared with expression in culture. Many plant cell-wall-degrading enzymes (PCWDEs), sugar transport genes, and genes involved in secondary metabolism were upregulated and could contribute to early pathogenesis. When infecting the OxO plants, there was a higher induction of genes encoding OA, botcinic acid, PCWDEs, proteases, and potential effectors, revealing the wealth of virulence factors available to this pathogen as it attempts to colonize a host. Data presented identify hundreds of genes associated with the very early stages of infection for both the host and pathogen.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».