The Genome of the Mustard Hill Coral, <i>Porites astreoides</i>
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Coral reefs are threatened both locally and globally by anthropogenic impacts, which to date have contributed to substantial declines in coral cover worldwide. However, some corals are more resilient to these environmental changes and therefore have increased relative abundance on local scales and may represent prominent members shaping future reef communities. Here, we provide the first draft reference genome for one such reef-building coral, the mustard hill coral, Porites astreoides . This reference genome was generated from a sample collected in Bermuda, with DNA sequenced via Pacific Biosciences HiFi long-read technology to provide an initial draft reference genome assembly. Assembly of the PacBio reads with FALCON UnZip resulted in a 678 Mbp assembly with 3,051 contigs with an N50 of 412,256. The genome BUSCO completeness analysis resulted in 90.9% of the metazoan gene set. An ab initio transcriptome was also produced with 64,636 gene models with a transcriptome BUSCO completeness analysis of 77.5% when compared to the metazoan gene set. The function annotation was obtained through a hierarchical approach of SwissProt, TrEMBL, and NCBI nr database of which 86.6% of proteins were annotated. Through our ab initio gene prediction for structural annotation and generation of a functional annotation for the P. astreoides draft genome assembly, we provide valuable resources for improving biological knowledge, which can facilitate comparative genomic analyses for corals, and enhance our capacity to test for the molecular underpinnings of adaptation and acclimatization to support evidence-based restoration and human assisted evolution of corals. Classifications Genetics and Genomics; Animal Genetics; Marine Biology
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».