Empirical Assessment of Graph Embedding Techniques for Predicting Missing Links in Biological Networks
Notice bibliographique
Résumé
Network science tries to shed light into the complex relationships among entities of a system. For instance, biological networks represent relations between macro molecules such as genes, proteins or other small chemicals. Often potential links are guessed computationally due to expensive nature of wet lab experiments. Conventional link prediction techniques consider local network wiring structure, which may not able to infer true relationships. The recent approaches of graph embedding (or representation learning) aims to capture the complete network structure that may be utilized for link prediction. In this work, we assess the performance of ten (10) state-of-the-art embedding techniques for their effectiveness of link prediction in homogeneous and heterogeneous biological networks. Majority of the graph embedding methods, in its original form, not in a position to predict links. We use the latent representation of the network produce by the embedding methods and recreate the network using various similarity and kernal functions. We evaluate nine (09) such functions in combination with candidate embedding methods. We even compare the performance of five (05) traditional, local structure based link prediction methods to show the superiority. Experimental results clearly reveal that Graph Neural Network (GNN) and Attention based encoders with dot product based decoder are the best performers in predicting missing links for both homogeneous and heterogeneous biological network.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,027 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».