Searching for intra-locus sexual conflicts in the three-spined stickleback ( <i>Gasterosteus aculeatus</i> ) genome
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Differences between sexes in trait fitness optima can generate intra-locus sexual conflicts that have the potential to maintain genetic diversity through balancing selection. However, these differences are unlikely to be associated with string selective coefficients and as a result are challenging to detect. Additionally, recent studies have highlighted that duplication on sexual chromosomes can create artefactual signals of inter-sex differentiation and increased genetic diversity. Thus, testing the relationship between intra-locus sexual conflicts and balancing selection requires a high-quality reference genome, stringent filtering of potentially duplicated regions, and dedicated methods to detect loci with low levels of inter-sex differentiation. In this study, we investigate intra-locus sexual conflicts in the three-spined stickleback using whole genome sequencing (mean coverage = 12X) of 50 females and 49 males from an anadromous population in the St. Lawrence River, Québec, Canada. After stringent filtering of duplications from the sex chromosomes, we compared three methods to detect intra-locus sexual conflicts. This allowed us to detect various levels of inter-sex differentiation, from stronger single locus effects to small cumulative or multivariate signals. Overall, we found only four genomic regions associated with confidence to intra-locus sexual conflict that displayed associations with long-term balancing selection maintaining genetic diversity. Altogether, this suggests that most intra-locus sexual conflicts do not drive long-term balancing selection and are most likely transient. However, they might still play a role in maintaining genetic diversity over shorter time scales by locally reducing the effects of purifying selection and the rates of genetic diversity erosion.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».