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Enregistrement W4284879989 · doi:10.1101/2022.07.04.498750

Sharp cell-type-identity changes differentiate the retrosplenial cortex from the neocortex

2022· preprint· en· W4284879989 sur OpenAlexafffund
Kaitlin E. Sullivan, Larissa Kraus, Lihua Wang, Tara R. Stach, Andrew L. Lemire, Jody Clements, Mark S. Cembrowski

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueSingle-cell and spatial transcriptomics
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanadian Institute for Military and Veteran Health ResearchUniversity of British ColumbiaDeutsche Forschungsgemeinschaft
Mots-clésNeocortexRetrosplenial cortexChromatin structure remodeling (RSC) complexNeuroscienceCell typeBiologyCortex (anatomy)TranscriptomeCerebral cortexCellGeneGene expressionGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT The laminae of the neocortex are fundamental processing layers of the mammalian brain. Notably, such laminae are believed to be relatively stereotyped across short spatial scales, such that shared laminae between nearby brain regions exhibit similar constituent cells. Here, we considered a potential exception to this rule by studying the retrosplenial cortex (RSC), a brain region known for sharp cytoarchitectonic differences across its granular-dysgranular border. Using a variety of transcriptomics techniques, we identified, spatially mapped, and interpreted the excitatory cell-type landscape of the mouse RSC. In doing so, we surprisingly uncovered that RSC gene expression and cell types change sharply at the granular-dysgranular border. Additionally, supposedly homologous laminae between the RSC and neocortex are effectively wholly distinct in their cell-type composition. In collection, the RSC exhibits a variety of intrinsic cell-type specializations, and embodies a new neocortical organizational principle wherein cell-type identities vary sharply within and between brain regions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,537
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0020,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,216
Écart entre enseignants0,201 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2022
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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