Optimizing human coronavirus OC43 growth and titration
Notice bibliographique
Résumé
Coronaviruses have been at the forefront of the news for the last 2 years. Unfortunately, SARS-CoV-2, the etiologic agent for the COVID-19 pandemic, must be manipulated in biosecurity level 3 settings, which significantly limits research. Meanwhile, several less pathogenic human coronaviruses (HCoV) exist and can be studied in much more common biosafety level 2 laboratories. Among them, HCoV-OC43 is a good surrogate candidate for SARS-CoV-2 since both are phylogenetically related human Betacoronaviruses . However, one issue has been the lack of standardized means among laboratories to propagate and titer this less virulent coronavirus. The present study probes the optimal parameters to propagate HCoV-OC43. First, testing of five different cell lines (MRC-5, Huh7.5, Vero, HCT-8, HRT-18) indicated that the physiologically relevant MRC-5 human lung cell line produced among the highest viral titers. HRT-18 may however be an interesting alternative as they are quick growing cells that also led to higher viral titers and a better tropism for various HCoV-OC43 variants. We also probed the impact of serum and temperature during viral expansion and confirmed that the normal temperature of the upper respiratory track (33 °C) improves viral yields over the typical 37 °C used to grow many other viruses. Meanwhile, we did not notice any evidence that serum concentrations significantly affected the virus but interestingly noted that the virus grew quite efficiently in a serum-free media formulation. Meanwhile sonication of viral stocks somewhat improved viral titers. Four titration methods (plaque assays, TCID 50 -CPE, TCID 50 -IFA and TCID 50 –IPA) were also probed using two cell lines (VeroE6 and HRT-18). In our hands, plaque assays proved unreliable and quantification of the virus by scoring CPE positive wells was significantly less sensitive than antibody-based assays (IFA and IPA). While the latter methods were equally sensitive, we favor the TCID 50 -IPA method since simpler, faster and cheaper than the IFA protocol. Moreover, the HRT-18 cells appeared more sensitive to quantify the virus. Perhaps most importantly, these optimized protocols routinely led to high titer viral stocks in the order of 10 8 TCID 50 /ml magnitude, which should fulfill the requirements of most experimental settings.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».