Genomic and microenvironmental landscape of stage I follicular lymphoma, compared with stage III/IV
Notice bibliographique
Résumé
Although the genomic and immune microenvironmental landscape of follicular lymphoma (FL) has been extensively investigated, little is known about the potential biological differences between stage I and stage III/IV disease. Using next-generation sequencing and immunohistochemistry, 82 FL nodal stage I cases were analyzed and compared with 139 FL stage III/IV nodal cases. Many similarities in mutations, chromosomal copy number aberrations, and microenvironmental cell populations were detected. However, there were also significant differences in microenvironmental and genomic features. CD8+ T cells (P = .02) and STAT6 mutations (false discovery rate [FDR] <0.001) were more frequent in stage I FL. In contrast, programmed cell death protein 1-positive T cells, CD68+/CD163+ macrophages (P < .001), BCL2 translocation (BCL2trl+) (P < .0001), and KMT2D (FDR = 0.003) and CREBBP (FDR = 0.04) mutations were found more frequently in stage III/IV FL. Using clustering, we identified 3 clusters within stage I, and 2 clusters within stage III/IV. The BLC2trl+ stage I cluster was comparable to the BCL2trl+ cluster in stage III/IV. The two BCL2trl- stage I clusters were unique for stage I. One was enriched for CREBBP (95%) and STAT6 (64%) mutations, without BLC6 translocation (BCL6trl), whereas the BCL2trl- stage III/IV cluster contained BCL6trl (64%) with fewer CREBBP (45%) and STAT6 (9%) mutations. The other BCL2trl- stage I cluster was relatively heterogeneous with more copy number aberrations and linker histone mutations. This exploratory study shows that stage I FL is genetically heterogeneous with different underlying oncogenic pathways. Stage I FL BCL2trl- is likely STAT6 driven, whereas BCL2trl- stage III/IV appears to be more BCL6trl driven.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».