Standardized annotation of translated open reading frames
Pourquoi ce travail est-il dans la base ?
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Prédiction distillée sur la base complète
Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
- Catégories candidates
- Méta-épidémiologie (sens strict), Science ouverte, Intégrité de la recherche
- Catégories consensuelles
- Intégrité de la recherche
- Domaine
- Signal candidat: aucuneSignal consensuel: aucune
- Devis d'étude
- Signal candidat: Sans objetSignal consensuel: Sans objet
- Genre
- Signal candidat: CommentaireSignal consensuel: aucune
- Score de désaccord entre enseignants
- 0,640
- Score d'incertitude au seuil
- 1,000
- Statut de validation
machine_predicted_unvalidated·codex-gemma-dda1882f352a
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,006 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,006 | 0,010 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
- Écart entre enseignants
- 0,284 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
- Statut de validation
score_only:v0-immature-baseline· tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle
Résumé
Ribosome profiling (Ribo-seq) has extended our understanding of the translational ‘vocabulary’ of the human genome, uncovering thousands of open reading frames (ORFs) within long noncoding RNAs (lncRNAs) and presumed untranslated regions (UTRs) of protein-coding genes. However, reference gene annotation projects have been circumspect in their incorporation of these ORFs because of uncertainties about their experimental reproducibility and physiological roles. Yet, it is clear that certain ‘Ribo-seq ORFs’ make stable proteins, others mediate gene regulation, and many have medical implications. Ultimately, the absence of standardized ORF annotation has created a circular problem: while Ribo-seq ORFs remain unrecognized by reference annotation databases, this lack of recognition will thwart studies examining their roles. Here, we outline a community-led effort involving Ensembl/GENCODE, the HUGO Gene Nomenclature Committee (HGNC), UniProtKB, HUPO/HPP and PeptideAtlas to produce a standardized catalog of 7,264 human Ribo-seq ORFs; a path to bring protein-level evidence for Ribo-seq ORFs into reference annotation databases; and a roadmap to facilitate research in the global community.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
La notice
- Revue
- Nature Biotechnology
- Thématique
- Natural Language Processing Techniques
- Domaine
- Computer Science
- Établissements canadiens
- Université de Sherbrooke
- Organismes subventionnaires
- National Cancer InstituteNational Human Genome Research InstituteNational Institute on AgingRIKENAgència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de RecercaMedical Research CouncilCanadian Institutes of Health ResearchDirectorate for Biological SciencesNational Institutes of HealthEuropean Molecular Biology LaboratoryRussian Science FoundationInstitució Catalana de Recerca i Estudis AvançatsNational Institute of General Medical SciencesUniversity College CorkUniversity of LeedsUniversitat Pompeu FabraFondation LeducqStowers Institute for Medical ResearchAustralian GovernmentSearle Scholars ProgramNational Science FoundationScience Foundation IrelandBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilUniversité de SherbrookeWellcome TrustEuropean CommissionUniversity of California, IrvineBroad InstituteUniversity of PittsburghHoward Hughes Medical InstituteStaatssekretariat für Bildung, Forschung und InnovationMusella Foundation For Brain Tumor Research and InformationAgencia Estatal de InvestigaciónComputer Science and Artificial Intelligence Laboratory, Massachusetts Institute of TechnologyAlex's Lemonade Stand Foundation for Childhood CancerYale University
- Mots-clés
- AnnotationOpen reading frameReading (process)Computer scienceInformation retrievalComputational biologyNatural language processingBiologyArtificial intelligenceLinguisticsGeneticsPhilosophyPeptide sequence
- Résumé présent dans OpenAlex
- oui