Insertions and Deletions (Indels): A Missing Piece of the Protein Engineering Jigsaw
Notice bibliographique
Résumé
Over the years, protein engineers have studied nature and borrowed its tricks to accelerate protein evolution in the test tube. While there have been considerable advances, our ability to generate new proteins in the laboratory is seemingly limited. One explanation for these shortcomings may be that insertions and deletions (indels), which frequently arise in nature, are largely overlooked during protein engineering campaigns. The profound effect of indels on protein structures, by way of drastic backbone alterations, could be perceived as "saltation" events that bring about significant phenotypic changes in a single mutational step. Should we leverage these effects to accelerate protein engineering and gain access to unexplored regions of adaptive landscapes? In this Perspective, we describe the role played by indels in the functional diversification of proteins in nature and discuss their untapped potential for protein engineering, despite their often-destabilizing nature. We hope to spark a renewed interest in indels, emphasizing that their wider study and use may prove insightful and shape the future of protein engineering by unlocking unique functional changes that substitutions alone could never achieve.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,005 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».