A super pan-genomic landscape of rice
Pourquoi ce travail est-il dans la base ?
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Aucune affiliation canadienne. Une base fondée sur la seule affiliation (le devis habituel) n'aurait jamais vu ce travail. C'est l'un des travaux qui justifient l'inversion de la base.
Scores machine (provisoires)
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
- Écart entre enseignants
- 0,268 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
- Statut de validation
score_only:v0-immature-baseline· tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle
Résumé
Pan-genomes from large natural populations can capture genetic diversity and reveal genomic complexity. Using de novo long-read assembly, we generated a graph-based super pan-genome of rice consisting of a 251-accession panel comprising both cultivated and wild species of Asian and African rice. Our pan-genome reveals extensive structural variations (SVs) and gene presence/absence variations. Additionally, our pan-genome enables the accurate identification of nucleotide-binding leucine-rich repeat genes and characterization of their inter- and intraspecific diversity. Moreover, we uncovered grain weight-associated SVs which specify traits by affecting the expression of their nearby genes. We characterized genetic variants associated with submergence tolerance, seed shattering and plant architecture and found independent selection for a common set of genes that drove adaptation and domestication in Asian and African rice. This super pan-genome facilitates pinpointing of lineage-specific haplotypes for trait-associated genes and provides insights into the evolutionary events that have shaped the genomic architecture of various rice species.
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La notice
- Revue
- Cell Research
- Thématique
- Genomics and Phylogenetic Studies
- Domaine
- Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
- Établissements canadiens
- —
- Organismes subventionnaires
- Agricultural Science and Technology Innovation ProgramBasic and Applied Basic Research Foundation of Guangdong ProvinceUniversity of Chinese Academy of SciencesChina Postdoctoral Science FoundationChinese Academy of SciencesAgricultural Research ServiceChinese Academy of Agricultural SciencesChina Agricultural UniversityInstitute of GeneticsNational Natural Science Foundation of ChinaU.S. Department of Agriculture
- Mots-clés
- BiologyDomesticationGenomeGeneGeneticsEvolutionary biologyGenetic diversityAdaptation (eye)Nucleotide diversityGenomicsHaplotypeComputational biologyAllelePopulation
- Résumé présent dans OpenAlex
- oui