Genomic Sequence Analysis of Culm Shape Variants of Moso Bamboo Based on Re-sequencing
Notice bibliographique
Résumé
To reveal the whole genome differences of moso bamboo variations on culm shape, Phyllostachys edulis f. obliquinoda , Phyllostachys edulis f. heterocycla , Phyllostachys pubescens f. curviculmi , Phyllostachys edulis f. tubaeformis were re-sequenced by whole genome re-sequencing, to detect and annotate the single nucleotide polymorphism (SNP), insertion-deletion (InDel) and structure variation (SV). The mutant genes were compared with the functional databases of GO, COG, KEGG, of which 7 477, 7 584, 7 221 and 7 583 mutant genes were annotated respectively. GO annotation classification included 56 functional groups of three functional classification systems: cellular component, molecular function and biological processes. COG classification showed that 369 genes involved in replication, recombination and repair, 327 genes involved in signal transduction mechanism, and 253 genes involved in transcription. The metabolic pathways of flavonoids, carotenoids and other substances involved in the mutant genes were analyzed by KEGG database. In-depth study of the regulatory pathways can provide a theoretical basis for further exploration of the rich polymorphism and genetic variation of moso bamboo, and the development of molecular markers for some significant characters.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».