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Enregistrement W4285358757 · doi:10.2196/33946

Identification of a Novel c.3080delC JAG1 Gene Mutation Associated With Alagille Syndrome: Whole Exome Sequencing

2022· article· en· W4285358757 sur OpenAlexvenueno aff
Deepak Panwar, Vandana Lal, Atul Thatai

Notice bibliographique

RevueJMIR Bioinformatics and Biotechnology · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiquePediatric Hepatobiliary Diseases and Treatments
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésAlagille syndromeJAG1Exome sequencingSanger sequencingExomeGeneticsMutationBiologyProbandMedicineCholestasisBioinformaticsGeneInternal medicineNotch signaling pathway

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background Alagille syndrome is an autosomal dominant disorder associated with variable clinical phenotypic features including cholestasis, congenital heart defects, vertebral defects, and dysmorphic facies. Objective Whole exome sequencing (WES) has become technically feasible due to the recent advances in next-generation sequencing technologies, therefore offering new possibilities for mutations or genes identification. Methods WES was used to identify pathogenic variants, which may have significant prognostic implications for patients’ clinical presentation of the proband. In this paper, we have uncovered a novel JAGGED1 gene (JAG1) mutation associated with Alagille syndrome in a 5-year-old girl presented with conjugated hyperbilirubinemia and infantile cholestasis. Results The exome sequencing analysis revealed the presence of a novel JAG1 heterozygous c.3080delC variant in exon 25. The detected variant introduced a stop codon (p.P1027RfsTer9) in the gene sequence, encoding a truncated protein. Our exome observations were confirmed through Sanger sequencing as well. Conclusions Here, we report a case of a patient diagnosed with Alagille syndrome, conjugated hyperbilirubinemia, and infantile cholestasis, with emphasis on its association with the detection of the novel JAG1 mutation, thereby establishing the genetic diagnosis of the disease.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,547
Score d'incertitude au seuil0,382

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,242
Écart entre enseignants0,229 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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