Questioning the Association of the <i>STMN2</i> Dinucleotide Repeat With Amyotrophic Lateral Sclerosis
Notice bibliographique
Résumé
Objectives Recently, the number of dinucleotide CA repeats in an intron of the STMN2 gene was reported to be associated with an increased risk for amyotrophic lateral sclerosis (ALS). Therefore, we sought to replicate this observation in an independent group of ALS patients and a much larger control group. Methods Here, we used whole-genome sequencing and tested the STMN2 CA repeat in a case-control cohort of the European genetic background and in genomes from various populations in the gnomAD cohort to attempt to replicate this proposed association. Results We find that repeats well above the previously reported pathogenic threshold of 19 are commonly observed in unaffected individuals across different populations. Furthermore, we did not observe an association between longer STMN2 CA repeats and ALS phenotype. Discussion In summary, our results do not support a role of STMN2 CA repeats toward ALS risk. As TDP-43 aggregation is central to ALS pathogenesis, lowered expression of STMN2 could be used as a biomarker for ALS. Therefore, a variant associated both with the risk for ALS and the level of STMN2 expression would be clinically useful. However, for a variant to be actionable, it must be strongly replicated in independent cohorts and exceed the rigorous statistical thresholds applied.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,011 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».