Genome-wide identification of resistance genes and transcriptome regulation in yeast to accommodate ammonium toxicity
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Ammonium is an important raw material for biomolecules and life activities, and the toxicity of ammonium is also an important ecological and agricultural issue. Ammonium toxicity in yeast has only recently been discovered, and information on its mechanism is limited. In recent years, environmental pollution caused by nitrogen-containing wastewater has been increasing. In addition, the use of yeast in bioreactors to produce nitrogen-containing compounds has been developed. Therefore, research on resistance mechanisms that allow yeast to grow under conditions of high concentrations of ammonium has become more and more important. Results To further understand the resistance mechanism of yeast to grow under high concentration of ammonium, we used NH 4 Cl to screen a yeast non-essential gene-deletion library. We identified 61 NH 4 Cl-sensitive deletion mutants from approximately 4200 mutants in the library, then 34 of them were confirmed by drop test analysis. Enrichment analysis of these 34 genes showed that biosynthesis metabolism, mitophagy, MAPK signaling, and other pathways may play important roles in NH 4 Cl resistance. Transcriptome analysis under NH 4 Cl stress revealed 451 significantly upregulated genes and 835 significantly downregulated genes. The genes are mainly enriched in: nitrogen compound metabolic process, cell wall, MAPK signaling pathway, mitophagy, and glycine, serine and threonine metabolism. Conclusions Our results present a broad view of biological pathways involved in the response to NH 4 Cl stress, and thereby advance our understanding of the resistance genes and cellular transcriptional regulation under high concentration of ammonium.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».