Chemical Genetic Validation of CSNK2 Substrates Using an Inhibitor-Resistant Mutant in Combination with Triple SILAC Quantitative Phosphoproteomics
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Casein Kinase 2 (CSNK2) is an extremely pleiotropic, ubiquitously expressed protein kinase involved in the regulation of numerous key biological processes. Mapping the CSNK2-dependent phosphoproteome is necessary for better characterization of its fundamental role in cellular signalling. While ATP-competitive inhibitors have enabled the identification of many putative kinase substrates, compounds targeting the highly conserved ATP-binding pocket often exhibit off-target effects limiting their utility for definitive kinase-substrate assignment. To overcome this limitation, we devised a strategy combining chemical genetics and quantitative phosphoproteomics to identify and validate CSNK2 substrates. We engineered U2OS cells expressing exogenous wild type CSNK2A1 (WT) or a triple mutant (TM, V66A/H160D/I174A) with substitutions at residues important for inhibitor binding. These cells were treated with CX-4945, a clinical-stage inhibitor of CSNK2, and analyzed using large-scale triple SILAC (Stable Isotope Labelling of Amino Acids in Cell Culture) quantitative phosphoproteomics. In contrast to wild-type CSNK2A1, CSNK2A1-TM retained activity in the presence of CX-4945 enabling identification and validation of several CSNK2 substrates on the basis of their increased phosphorylation in cells expressing CSNK2A1-TM. Based on high conservation within the kinase family, we expect that this strategy can be broadly adapted for identification of other kinase-substrate relationships.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle