HLA Diversity in Saudi Population: High Frequency of Homozygous HLA Alleles and Haplotypes
Notice bibliographique
Résumé
Human leukocyte antigens (HLA) diversity has a tremendous impact on shaping the transplantation practices, transfusion-associated graft versus host disease prevention strategies, and host–pathogen interactions. Here, we conducted a retrospective study of HLA class I and class II homozygosity at allelic and haplotype levels in unrelated individuals genotyped from 2012 to 2016 in a tertiary hospital in the capital of Saudi Arabia. Among 5,000 individuals, 2,773 individuals meet inclusion criteria and were retrospectively analyzed for HLA-A, -B, -C–DRB1, and -DQB1 homozygosity at allelic and haplotype levels. HLA molecular typing was performed using a commercial reverse sequence-specific oligonucleotide (rSSO) kit. We were able to identify 15 HLA-A, 20 HLA-B, 11 HLA-C, 13 HLA-DRB1, and five HLA-DQB1 homozygous alleles demonstrating a very low genetic diversity in the Saudi population. The highest homozygosity in HLA class I was found in locus C followed by A and B (20.3% > 16.1% > 15.5%; p < 0.001) where the most homozygote alleles were A*02 (9.2%), B*51 and B*50 (5.7% and 3.7%), and C*07, C*06, and C*15 (7.2%, 5.48%, and 3.3%) and in HLA class II, the highest homozygosity was found in locus DQB1 compared to DRB1 (31.71% > 19.2%; p < 0.001), with the most common homozygote alleles being DRB1*07 and DRB1*04 (5.33% and 4.2%) and DQB1*02, DQB1*06, and DQB1*03 (13.55%, 7.92%, and 7.64%). The frequency of finding an individual with one homozygote allele was (24.6%), two homozygote alleles (13.5%), three homozygote alleles (4.7%), four homozygote alleles (3.4%), and five alleles were (4.8%). The most frequent homozygote haplotypes are A*23∼C*06∼B*50∼DRB1*07∼DQB1*02 and A*02∼C*06∼B*50∼DRB1*07∼DQB1*02. This study shows low diversity of both class I and II alleles and haplotypes in the Saudi population, which would have a significant impact on shaping the transplantation practices, transfusion-associated graft versus host disease prevention strategies, and host–pathogen interactions.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».