Identification of FAT3 as a new candidate gene for adolescent idiopathic scoliosis
Notice bibliographique
Résumé
In an effort to identify rare alleles associated with adolescent idiopathic scoliosis (AIS) whole-exome sequencing was performed on a discovery cohort of 73 unrelated patients and 70 age-and sex matched controls, all of French-Canadian ancestry. A collapsing gene burden test was performed to analyze rare protein-altering variants using case-control statistics. Since no single gene achieved statistical significance, targeted exon sequencing was performed for 24 genes with the smallest p values, in an independent replication cohort of unrelated severely affected females with AIS and sex-matched controls (N = 96 each). An excess of rare, potentially protein-altering variants was noted in one particular gene, FAT3, although it did not achieve statistical significance. Independently, we sequenced the exomes of all members of a rare multiplex family of three affected sisters and unaffected parents. All three sisters were compound heterozygous for two rare protein-altering variants in FAT3. The parents were single heterozygotes for each variant. The two variants in the family were also present in our discovery cohort. A second validation step was done, using another independent replication cohort of 258 unrelated AIS patients having reach their skeletal maturity and 143 healthy controls to genotype nine FAT3 gene variants, including the two variants previously identified in the multiplex family: p.L517S (rs139595720) and p.L4544F (rs187159256). Interestingly, two FAT3 variants, rs139595720 (genotype A/G) and rs80293525 (genotype C/T), were enriched in severe scoliosis cases (4.5% and 2.7% respectively) compared to milder cases (1.4% and 0.7%) and healthy controls (1.6% and 0.8%). Our results implicate FAT3 as a new candidate gene in the etiology of AIS.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».