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Enregistrement W4286250341 · doi:10.1016/j.isci.2022.104798

Potent and broad neutralization of SARS-CoV-2 variants of concern (VOCs) including omicron sub-lineages BA.1 and BA.2 by biparatopic human VH domains

2022· article· en· W4286250341 sur OpenAlexafffund
Chuan Chen, James W. Saville, Michelle M. Martí, Alexandra Schäfer, Mary Hongying Cheng, Dhiraj Mannar, Xing Zhu, Alison Berezuk, Anupam Banerjee, Michele D. Sobolewski, Andrew Kim, Benjamin R. Treat, Priscila M. S. Castanha, Nathan Enick, Kevin D. McCormick, Xianglei Liu, Cynthia Adams, Margaret G. Hines, Zehua Sun, Weizao Chen, Jana L. Jacobs, Simon M. Barratt‐Boyes, John W. Mellors, Ralph S. Baric, İvet Bahar, Dimiter S. Dimitrov, Sriram Subramaniam, David R. Martinez, Wei Li

Notice bibliographique

RevueiScience · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueSARS-CoV-2 and COVID-19 Research
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical SciencesMedical Center, University of PittsburghNational Institutes of HealthUPMC EnterprisesGenome British ColumbiaNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesUniversity of PittsburghBurroughs Wellcome FundHoward Hughes Medical Institute
Mots-clésPanning (audio)NeutralizationSevere acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)ChemistryAntibodyEpitopeVirologyTiterPeptide libraryComputational biologyCoronavirus disease 2019 (COVID-19)BiologyGeneticsPeptide sequenceBiochemistryInfectious disease (medical specialty)GeneDiseaseMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The emergence of SARS-CoV-2 variants of concern (VOCs) requires the development of next-generation biologics with high neutralization breadth. Here, we characterized a human V H domain, F6, which we generated by sequentially panning large phage-displayed V H libraries against receptor binding domains (RBDs) containing VOC mutations. Cryo-EM analyses reveal that F6 has a unique binding mode that spans a broad surface of the RBD and involves the antibody framework region. Attachment of an Fc region to a fusion of F6 and ab8, a previously characterized V H domain, resulted in a construct (F6-ab8-Fc) that broadly and potently neutralized VOCs including Omicron. Additionally, prophylactic treatment using F6-ab8-Fc reduced live Beta (B.1.351) variant viral titers in the lungs of a mouse model. Our results provide a new potential therapeutic against SARS-CoV-2 variants including Omicron and highlight a vulnerable epitope within the spike that may be exploited to achieve broad protection against circulating variants.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,024
Score d'incertitude au seuil0,408

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,083
Tête enseignante GPT0,383
Écart entre enseignants0,299 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2022
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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