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Enregistrement W4286817259 · doi:10.1101/2022.07.19.22271581

Diverse Monogenic Subforms of Human Spermatogenic Failure

2022· preprint· en· W4286817259 sur OpenAlexaff
Liina Nagirnaja, Alexandra M. Lopes, Wu‐Lin Charng, Brian Miller, Rytis Stakaitis, Ieva Golubickaitė, Alexandra M. Stendahl, Tianpengcheng Luan, Corinna Friedrich, Eisa Mahyari, Eloise Fadial, Laura Kasak, Katinka A. Vigh‐Conrad, Manon S. Oud, Miguel J. Xavier, Samuel R. Cheers, Emma James, Jingtao Guo, Timothy Jenkins, Antoni Riera‐Escamilla, Alberto Barros, Filipa Carvalho, Susana Fernandes, João Gonçalves, Christina A. Gurnett, Niels Jørgensen, Davor Ježek, Emily S. Jungheim, Sabine Kliesch, Robert I. McLachlan, Kenan Omurtag, Adrian Pilatz, Jay Sandlow, James F. Smith, Michael L. Eisenberg, James M. Hotaling, Keith Jarvi, Margus Punab, Ewa Rajpert‐De Meyts, Douglas T. Carrell, Csilla Krausz, Maris Laan, Moira K. O’Bryan, Peter N. Schlegel, Frank Tüttelmann, Joris A. Veltman, Kristian Almstrup, Kenneth I. Aston, Donald F. Conrad

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueSperm and Testicular Function
Établissements canadiensUniversity of TorontoMount Sinai Hospital
Organismes subventionnairesNational Institute of Mental HealthMedical Research CouncilNational Health and Medical Research CouncilMinistério da Ciência, Tecnologia e Ensino SuperiorDeutsche ForschungsgemeinschaftFundação para a Ciência e a TecnologiaInnovationsfondenWellcome TrustNederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk OnderzoekNational Institutes of HealthEesti Teadusagentuur
Mots-clésBiologyMendelian inheritanceAzoospermiaGeneticsMale infertilityPopulationGeneInfertilityMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Non-obstructive azoospermia (NOA) is the most severe form of male infertility and typically incurable with current medicine. Due to the biological complexity of sperm production, defining the genetic basis of NOA has proven challenging, and to date, the most advanced classification of NOA subforms is based on simple description of testis histology. In this study, we exome-sequenced over 1,000 clinically diagnosed NOA cases and identified a plausible recessive Mendelian cause in 20%. Population-based testing against fertile controls identified 27 genes as significantly associated with azoospermia. The disrupted genes are primarily on the autosomes, enriched for undescribed human “knockouts”, and, for the most part, have yet to be linked to a Mendelian trait. Integration with single-cell RNA sequencing of adult testes shows that, rather than affecting a single cell type or pathway, azoospermia genes can be grouped into molecular subforms with highly synchronized expression patterns, and analogs of these subforms exist in mice. This analysis framework identifies groups of genes with known roles in spermatogenesis but also reveals unrecognized subforms, such as a set of genes expressed specifically in mitotic divisions of type B spermatogonia. Our findings highlight NOA as an understudied Mendelian disorder and provide a conceptual structure for organizing the complex genetics of male infertility, which may serve as a basis for disease classification more advanced than histology.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,012
Score d'incertitude au seuil0,994

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0070,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,032
Tête enseignante GPT0,284
Écart entre enseignants0,252 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations12
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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