Changes in the Composition and Function of the Human Salivary Microbiome After Heart Transplantation: A Pilot Study
Notice bibliographique
Résumé
Heidi Joyce,1 Michael R Taylor,1 Andrew Moffat,1 Mia Hong,1 Debra Isaac,2 Nowell Fine,2 Steven C Greenway1– 3 1Department of Pediatrics and Alberta Children’s Hospital Research Institute, Cumming School of Medicine, University of Calgary, Calgary, Alberta, Canada; 2Department of Cardiac Sciences and Libin Cardiovascular Institute, Cumming School of Medicine, University of Calgary, Calgary, Alberta, Canada; 3Department of Biochemistry & Molecular Biology, Cumming School of Medicine, University of Calgary, Calgary, Alberta, CanadaCorrespondence: Steven C GreenwaySection of Cardiology, Alberta Children’s Hospital, 28 Oki Drive NW, Calgary, AB, T3B 6A8, CanadaTel +1-403-955-5049Fax +1-403-955-7621Email scgreenw@ucalgary.caIntroduction: Interactions between our commensal microbes and immune system are well recognized but the impact of immunosuppression on this relationship is less well characterized, particularly outside of the gastrointestinal tract. In this pilot case-control study, we examined microbial composition and inferred function in the saliva of patients after heart transplantation.Methods: Saliva samples were collected from 26 healthy adolescent and adult heart transplant patients and 27 healthy non-transplant controls. Bacterial DNA was isolated and the V3 and V4 regions of the 16S rRNA gene were sequenced. Measures of bacterial diversity and inferred function were calculated using the software packages DADA2, Phyloseq, QIIME, PICRUSt and STAMP.Results: Transplant patients were on average 51.6 ± 18.2 years of age and 8.6 ± 5.3 years post-transplant. Both alpha (p = 0.0009) and beta (p = 0.001) diversity differed significantly between the groups, and there were statistically significant changes (p < 0.01) in 101 individual functional pathways.Discussion: We conclude that the effects of chronic immunosuppression on bacterial composition and function in the oropharynx appear relatively subtle with no obvious ill effects on patient health. Full interpretation is limited by our lack of knowledge for many of the bacterial functional pathways.Keywords: microbiome, saliva, transplant, heart, immune suppression
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».