Rapid nutrient depletion to below the physiological range by cancer cells cultured in Plasmax
Notice bibliographique
Résumé
Mammalian cell culture is a fundamental tool used to study living cells. Presently, the standard protocol for performing cell culture involves the use of commercial media that contain an excess of nutrients. Although this reduces the likelihood of cell starvation, it creates nonphysiologic culture conditions that have been shown to “re-wire” cellular metabolism. Recently, researchers have developed new media like Plasmax, formulated to approximate the nutrient composition of human blood plasma. Although this represents an improvement in cell culture practice, physiologic media may be vulnerable to nutrient depletion. In this study, we directly addressed this concern by measuring the rates of glucose and amino acid depletion from Plasmax in several cancer cell lines (PC-3, LNCaP, MCF-7, and SH-SY5Y) over 48 h. In all cell lines, depletion of glucose from Plasmax was rapid such that, by 48 h, cells were hypoglycemic (<2 mM glucose). Most amino acids were similarly rapidly depleted to subphysiological levels by 48 h. In contrast, glucose and most amino acids remained within the physiological range at 24 h. When the experiment was done at physiological oxygen (5%) versus standard (18%) with LNCaP cells, no effect on glucose or amino acid consumption was observed. Using RNA sequencing, we show that this nutrient depletion is associated with enrichment of starvation responses, apoptotic signaling, and endoplasmic reticulum stress. A shift from glycolytic metabolism to mitochondrial respiration at 5% O 2 was also measured using Seahorse analysis. Taken together, these results exemplify the metabolic considerations for Plasmax, highlighting that cell culture in Plasmax requires daily media exchange.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».