GENOPARFUM : Création de ressources et d'outils moléculaires pour la mise en place d'une stratégie de sélection sur la lavande.
Notice bibliographique
Résumé
Fine lavender (Lavandula angustifolia) and lavandin (Lavandula x intermedia) are emblematic species of France and of great economic interest. Thanks to the cost reduction of sequencing technologies and to the development of suitable bioinformatics tools, Iteipmai, with the help of its partners (INRAE, CRIEPPAM and CNPMAI), was able to set up a project to develop molecular tools on lavender and lavandin, in order to improve the efficiency of breeding programs. Thus, the GenoParfum project was set up to create the genomic resources necessary for the development of these new strategies using next-generation sequencing technologies. This general objective is declined in three axes: (i) to develop a catalog of reference lavender genes, (ii) to identify SNP (Single Nucleotide Polymorphism) polymorphism for lavender and lavandin and (iii) to test the validity of this polymorphism within the scope of an analysis of genetic diversity (clonal varieties and natural populations of lavender). This article presents the work carried out in axis 3 (the results from axes 1 and 2 are presented in an associated article (Fopa Fomeju et al., 2018)). A pooled sequencing approach was used to study SNP-type polymorphism in 21 natural populations from 6 geographic regions of southeastern France and northwestern Italy. These populations were collected at altitudes ranging from 200 meters to 1500 meters. To these populations, 3 population varieties selected by Iteipmai (Rapido, Carla and Saralia) were added. The results indicated that genetic diversity was structured according to the geographical origin of the populations and not according to their altitude. The rate of polymorphism in improved populations was similar to that observed in natural populations. This approach also made it possible to highlight the relevance of molecular tools for the management of genetic resources. The results will be used to build a core collection to initiate association genetics studies and to identify markers associated with agronomic traits of interest to lavender.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».