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Enregistrement W4288078438 · doi:10.5376/rgg.2022.13.0005

Development of Two Functional Markers of <i>Badh2</i> Gene in Guangxi Fragrant Rice

2022· article· en· W4288078438 sur OpenAlex
Yu Zeng, Xinghai Yang, Xiuzhong Xia, Baoxuan Nong, Zongqiong Zhang, Zhijian Xu, Can Chen, Danting Li

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

venuePublié dans une revue dont le pays d'attache est le Canada.
no affAucune affiliation canadienne : ce travail est invisible pour une base fondée sur la seule affiliation.
Aucune affiliation canadienne. Une base fondée sur la seule affiliation (le devis habituel) n'aurait jamais vu ce travail. C'est l'un des travaux qui justifient l'inversion de la base.

Notice bibliographique

RevueRice Genomics and Genetics · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueGABA and Rice Research
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésSanger sequencingBiologyMarker-assisted selectionGeneGeneticsMolecular markerCleaved amplified polymorphic sequenceMolecular breedingAlleleGenetic markerMutationGenotype

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Fragrance in rice is one of the most important quality traits, which resulted from the loss of function of betaine aldehyde dehydrogenase ( Badh2 ) gene on chromosome 8. The mutation of  Badh2  leads to accumulation of 2-acetyl-1-pyrroline (2-AP), which is known as the main volatile in fragrant rice. At least 18 allelic variations have been identified in  Badh2  genes in rice. Marker assisted selection has proved to be an effective way of fragrant rice breeding. Traditional marker detection methods, such as Sanger sequencing or SSR molecular marker, are found to be low efficient. To develop a more dynamic method, we adopt Real-time PCR method to detect the common mutation site in Guangxi. In this study,  Badh2  gene of 40 fragrant rice accessions collected from Guangxi province was sequenced. Most of the fragrant rice accessions belonged to 806 bp deletion between exon 4-5 ( badh2-E4-5.1 ) and 8 bp deletion in exon 7 ( badh2-E7 ). Two Real-time PCR SNP molecular markers were developed, and were used to verify the 40 sequenced fragrant rice accessions. 93.75% of the detection results using Real-time PCR were consistent with the results of Sanger sequencing. Further, 50 local varieties were examined by Real-time PCR. A total of 24 accessions carry  badh-E4-5  allele and 22 accessions detected with  badh-E7 . The two functional SNP molecular markers common in Guangxi fragrant rice were developed and proved to be useful in rice breeding. These functional markers will improve the efficiency of fragrant rice breeding.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,954
Score d'incertitude au seuil0,257

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,024
Tête enseignante GPT0,230
Écart entre enseignants0,206 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle