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Enregistrement W4288447807 · doi:10.1038/s41588-022-01134-8

Single-nucleus and spatial transcriptome profiling of pancreatic cancer identifies multicellular dynamics associated with neoadjuvant treatment

2022· article· en· W4288447807 sur OpenAlexfundno aff
William L. Hwang, Karthik A. Jagadeesh, Jimmy A. Guo, Hannah I. Hoffman, Payman Yadollahpour, Jason Reeves, Rahul Mohan, Eugene Drokhlyansky, Nicholas Van Wittenberghe, Orr Ashenberg, Samouil L. Farhi, Denis Schapiro, Prajan Divakar, Eric Miller, Daniel R. Zollinger, George Eng, Jason M. Schenkel, Jennifer Su, Carina Shiau, Patrick Yu, William A. Freed-Pastor, Domenic Abbondanza, Arnav Mehta, Joshua Gould, Conner Lambden, Caroline Porter, Alexander M. Tsankov, Danielle Dionne, Julia Waldman, Michael S. Cuoco, Lan Nguyễn, Toni Delorey, Devan Phillips, Jaimie L. Barth, Marina Kem, Debora Ciprani, Jorge Roldán, Piotr Zelga, Vjola Jorgji, Jonathan Chen, Zackery A. Ely, Daniel Zhao, Kit Fuhrman, Robin Fropf, Joseph Beechem, Jay S. Loeffler, David P. Ryan, Colin D. Weekes, Cristina R. Ferrone, Motaz Qadan, Martin J. Aryee, Rakesh K. Jain, Donna Neuberg, Jennifer Y. Wo, Theodore S. Hong, Ramnik J. Xavier, Andrew J. Aguirre, Orit Rozenblatt–Rosen, Mari Mino–Kenudson, Carlos Fernández‐del Castillo, Andrew S. Liss, David T. Ting, Tyler Jacks, Aviv Regev

Notice bibliographique

RevueNature Genetics · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiquePancreatic and Hepatic Oncology Research
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesMoonshot Research and Development ProgramNational Cancer InstituteStand Up To CancerUniversity of California, San FranciscoKlarman Cell Observatory, Broad InstituteNational Science FoundationDamon Runyon Cancer Research FoundationPancreatic Cancer Canada FoundationPrincess Margaret Cancer FoundationLudwig Institute for Cancer ResearchCanadian Cancer Society Research InstituteSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesLustgarten FoundationConquer Cancer FoundationGovernment of OntarioHoward Hughes Medical Institute
Mots-clésBiologyTranscriptomePancreatic cancerMulticellular organismCancer researchProgenitor cellGene expression profilingComputational biologyPhenotypeBioinformaticsCellCancerStem cellGeneticsGene expressionGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex
Aucun résumé dans les sources couvertes. Son absence est consignée, pas traitée comme un négatif.

Aucun résumé. Ce n'est pas une lacune de cette base de données : OpenAlex n'en a pas non plus. 23,3 % de la base est dans cet état, et le tri y repère MOITIÉ moins de métarecherche ; l'absence est donc un biais mesuré, et non un champ manquant.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,304
Écart entre enseignants0,283 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations413
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentnon

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