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Enregistrement W4288886084 · doi:10.1016/j.cmpb.2022.107051

High performance multi-platform computing for large-scale image-based finite element modeling of bone

2022· article· en· W4288886084 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.

Notice bibliographique

RevueComputer Methods and Programs in Biomedicine · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueBone health and osteoporosis research
Établissements canadiensAlberta Bone and Joint Health InstituteUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanadian Institutes of Health ResearchArthritis Society
Mots-clésComputer scienceSolverComputational scienceParallel computingSpeedupConjugate gradient methodCentral processing unitFinite element methodvon Mises yield criterionAlgorithmComputer hardwareStructural engineering

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Image-based finite element (FE) modeling of bone is a non-invasive method to estimate bone stiffness and strength. High-resolution imaging data as input allows for inclusion of bone microarchitecture but results in large amounts of data unsuitable for traditional FE solvers. Bone-specific mesh-free solvers have been developed over the past 20 years to improve on memory efficiency in simulated bone loading applications. The objective of this study was to provide linear performance benchmarking for a bone-specific, mesh-free solver (FAIM) using µCT and HR-pQCT image data on Mac, Linux, and Windows operating systems using both single- and multi-thread CPU and GPU processing. The focus is on the linear gradient-descent solver using standardized uniaxial loading of bone models from µCT, and first- and second-generation HR-pQCT scans of the radius and tibia. Convergence, speedup, memory, and batch performance tests were completed using CPUs and GPUs on three laboratory-based systems with Windows, Linux, and Mac operating systems. Although varying by system and model size, time-per-iteration was as low as 0.03 s when an HR-pQCT-based radius model (6.45 million DOF) was solved with 3 GPUs. Strong scaling was achieved with GPU and CPU parallel processing, with strong parallel efficiencies when models were solved using 3 GPUs or ≤ 10 CPU threads. Errors in force, strain energy density, and Von Mises stress were as low as 0.1% when a convergence tolerance of 10−3 or smaller was used. The results of this study indicate that to maximize computational efficiency and minimize model solution times using FAIM software under the standardized tested conditions using µCT, XCT1 and XCT2 HR-pQCT image data, convergence tolerance set to 10−4, and 10 threads or 2 GPUs are sufficient for efficient solution times. Less strict convergence tolerances will improve solution times but will introduce more error in the outcome measures.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,005
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,977
Score d'incertitude au seuil0,635

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0050,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,097
Tête enseignante GPT0,413
Écart entre enseignants0,316 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle