A longitudinal characterization of the seminal microbiota and antibiotic resistance in yearling beef bulls subjected to different rate of gains using 16S rRNA gene sequencing and culturing
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: Increasing evidence supports the existence of a microbial community in bovine semen, and that this seminal microbiota may influence not only the male fertility but also female reproduction. In this study, we evaluated the seminal and fecal microbiota in yearling beef bulls fed a common diet to achieve moderate (1.13 kg/d) or high (1.80 kg/d) rates of weight gain. Semen samples were collected on days 0 and 112 of dietary intervention (n = 19/group) as well as post-breeding (n = 6/group) using electroejaculation and the microbiota was assessed using 16S rRNA gene sequencing, qPCR, and culturing. The fecal microbiota was also evaluated and its similarity with seminal microbiota assessed. A subset of seminal bacterial isolates (n = 33) was screened for resistance against 28 antibiotics.Results: A complex and dynamic microbiota was detected in bovine semen, and the community structure was affected by sampling time (R2 = 0.16, P < 0.001). Microbial richness increased from d 0 (ASVs, 253 ± 12) to d 112 (293 ± 14) (P < 0.05). Microbial diversity did not change during pre-breeding but increased after breeding (P < 0.05). Fusobacteriota, Bacteroidota, Firmicutes and Actinobacteriota were dominant in the seminal microbiota, and their abundance changed over time and following breeding (P < 0.05). Seminal microbiota remained unaffected by the differential rate of gains, and its overall composition was distinct from fecal microbiota, with only 6% of the taxa shared between them. The fecal microbiota did not differ between the two dietary treatments at d 112 and post-breeding but changed over time from d 112 to post-breeding (P < 0.05). A total of 364 isolates from 49 different genera were recovered under aerobic and anaerobic culturing. Among these seminal isolates were pathogenic species associated with respiratory disease, liver abscesses and reproductive infections, as well as those resistant to several antibiotics. Conclusions: Our results suggest that bovine semen harbors a rich and complex microbiota which changes over time and in response to breeding activity but appears to be resilient to differential gains achieved via a common diet. Seminal microbiota is distinct from the fecal microbiota and harbors potentially pathogenic and antibiotic-resistant bacterial species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».