ICE‐SCREAM comes in different flavors: Angiosperms encode two types of ICE proteins predicted to differ in their regulation by OST1 and MPK3/6
Notice bibliographique
Résumé
Abstract INDUCER OF CBF EXPRESSION (ICE) proteins reportedly have a role in cold acclimation and stomata development, but the former has recently been questioned. Our aim was to analyze ICE, OPEN STOMATA 1 (OST1) and MITOGEN ACTIVATED PROTEIN KINASE 3/6 (MPK3/6) protein data and place the results in context with reports in the literature. Orthologous protein sequences from species representative of different plant lineages were retrieved via BLAST searches and assembled into multiple sequence alignments for a comprehensive comparison of key features. We identified one type of ICE protein in bryophytes, lycophytes, ferns and angiosperms, and a second type of ICE protein in angiosperms only, each with characteristic interaction domains. Due to the higher observed similarity of the identified orthologs to proteins from Vitis riparia than to those from Arabidopsis, they were referred to as VrICE2L and VrICE4L, respectively. Regulatory sequence motifs for the kinase OST1 were present in the VrICE2L proteins although less conserved in the non‐angiosperms, whereas OST1 orthologs could be identified in all plant species, including algae. Interestingly, MPK3/6 motifs were most clearly conserved in the VrICE2L and VrICE4L proteins of the more evolved angiosperms, at a time that the A subtype of MPK3/6 kinases and the CRT‐BINDING FACTOR (CBF)‐encoding genes first appeared in the plant lineages. These data are intended to stimulate further investigations of VrICE4L proteins in non‐model plants and provide some evolutionary context into the overlap between stomatal function and regulation, and the cold acclimation pathway.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».