Primary testicular lymphoma demonstrates an over-expression of Wilms tumor 1 gene and different mRNA and miRNA expression profiles compared to nodal diffuse large B-cell lymphoma
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) shows a high degree of clinical and biological heterogeneity. Primary testicular lymphoma (PTL) is an extra nodal variant of DLBCL associated with higher risk of recurrence including contralateral testicle and central nervous system sanctuary sites. Several molecular aberrations including somatic mutation of MyD88, CD79B and upregulation of NF-Kb, PDL-1 and PDL-2 are thought to contribute to the pathogenesis and poor prognosis of PTL. However, additional biomarkers are needed that may improve the prognosis and help understand the PTL biology and possibly lead to new therapeutic targets. RNA from diagnostic tissue biopsies of PTL (n=31) and matched nodal DLBCLs (n=27) patients, were evaluated by mRNA and miRNA expression. Expression of 770 key genes were screened, utilizing nCounter Human miRNA and PAN-cancer pathway mRNA assays utilizing nCounter analysis System (Nanostring technologies). PTL and nodal DLBCL patients were comparable in age, gender, stage, and putative cell of origin (P>0.05). WT1 expression was higher in PTL compared to nodal DLBCL (> 3-fold; P= 0.0001). In addition, we found that WT1 associated pathway genes THBS4, PTPN5, PLA2G2A and IFNA17 were upregulated in PTL (>2.0-fold, P<0.005). The miRNAs targeting WT1 (hsa15a-5p, hsa-miR-16-5p, hsa-miR-361-5p, hsa-miR-27b-3p, hsa-miR-199a-5p, hsa-miR-199b-5p, hsa-miR-132-3p, hsa-miR-128-3p) were upregulated in PTL compared to nodal DLBCL (≥2.0-fold; FDR 0.01). We also found lower expression of BMP7, LAMB3, GAS1, MMP7 and LAMC2 (>2.0- fold, P<0.01) in PTL compared to nodal DLBCL. Our study demonstrated an overexpression of WT1 in PTL compared to nodal DLBCL. We hypothesize that a select miRNA subset targets the WT1 expression and influences the PI3k/Akt pathway in PTL. Additional studies are needed to further investigate the biological role of WT1 in PTL and its potential as a therapeutic target.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».