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A first update on mapping the human genetic architecture of COVID-19
Gita A. Pathak, Juha Karjalainen, Christine Stevens, Mark J. Daly, Andrea Ganna, Shea J. Andrews, Masahiro Kanai, Renato Polimanti, Nadia V. Harerimana, Matti Pirinen, Rachel G. Liao, Karolina Chwiałkowska, Amy Trankiem, Mary K. Balaconis, Huy Nguyen, Matthew Solomonson, Kumar Veerapen, Genevieve Roberts, Catherine A. Ball, Marie V. Coignet, Shannon McCurdy, Spencer C. Knight, Raghavendran Partha, Brooke Rhead, Miao Zhang, Nathan Berkowitz, Michael Gaddis, Keith Noto, Luong Ruiz, Miloš Pavlović, Eurie L. Hong, Kristin A. Rand, Ahna R. Girshick, Harendra Guturu, Asher Haug Baltzell, Mari Niemi, Souad Rahmouni, Julien Guntz, Y Beguin, Sara Pigazzini, Lindokuhle Nkambule, Michel Georges, Michel Moutschen, Benoît Misset, Gilles Darcis, Julien Guiot, Samira Azarzar, Stéphanie Gofflot, Sabine Claassen, Olivier Malaise, Pascale Huynen, Christelle Meuris, Marie Thys, Jessica Jacques, Philippe Léonard, Frédéric Frippiat, Jean‐Baptiste Giot, Anne-Sophie Sauvage, Christian Von Frenckell, Yasmine Belhaj, Bernard Lambermont, Tomoko Nakanishi, David Morrison, Vincent Mooser, J. Brent Richards, Guillaume Butler‐Laporte, Vincenzo Forgetta, Rui Li, Biswarup Ghosh, Lætitia Laurent, Alexandre Bélisle, Danielle Henry, Tala Abdullah, Olumide Adeleye, Noor Mamlouk, Nofar Kimchi, Zaman Afrasiabi, Nardin Rezk, Branka Vulesevic, Meriem Bouab, Charlotte Guzman, Louis Petitjean, Chris Tselios, Xiaoqing Xue, Jonathan Afilalo, Marc Afilalo, Maureen Oliveira, Bluma Brenner, Nathalie Brassard, Madéleine Durand, Erwin Schurr, Pierre Lepage, Jiannis Ragoussis, Daniel Auld, Michaël Chassé, Daniel E. Kaufmann, G. Mark Lathrop, Darin Adra, Caroline Hayward, Joseph Glessner, Douglas M. Shaw, Archie Campbell, Marcela Morris, Håkon Håkonarson, David J. Porteous, Jennifer E. Below, Anne Richmond, Xiao Chang, Hannah Polikowski, Petty E. Lauren, Hung‐Hsin Chen, Wanying Zhu, Chloe Fawns‐Ritchie, Kari E. North, Joseph B. McCormick, Joseph R. Glessner, Christopher R. Gignoux, Stephen J. Wicks, Kristy Crooks, Kathleen C. Barnes, Michelle Daya, Jonathan Shortt, Nicholas Rafaels, Paul R. H. J. Timmers, James F. Wilson, Albert Tenesa, Shona M. Kerr, Kenton D’Mellow, Doaa Shahin, Yasser M. El‐Sherbiny, Kathrin Aprile von Hohenstaufen, Ali Sobh, Madonna M. Eltoukhy, Lindokuhle Nkambul, Tamer Elhadidy, Mohamed S. Abd Elghafar, Jehan J. El‐Jawhari, Attia A. S. Mohamed, Marwa H. Elnagdy, Amr Samir, Mahmoud Abdel-Aziz, Walid T. Khafaga, Walaa M. El-Lawaty, Mohamed Torky, Mohamed El‐Shanshory, Amr M. Yassen, M. Hegazy, Kamal Okasha, Mohammed Eid, Hanteera S. Moahmed, Carolina Medina‐Gómez, M. Arfan Ikram, André G. Uitterlinden, Reedik Mägi, Lili Milani, Andres Metspalu, Triin Laisk, Kristi Läll, Maarja Lepamets, Tõnu Esko, Ene Reimann, Paul Naaber, Edward Laane, Jaana Pesukova, Pärt Peterson, Kai Kisand, Jekaterina Tabri, Raili Allos, Kati Hensen, Joel Starkopf, Inge Ringmets, Anu Tamm, Anne Kallaste, Helene Alavere, Kristjan Metsalu, Mairo Puusepp, Chiara Batini, Martin D. Tobin, Laura D. Venn, Paul H. Lee, Nick Shrine, Alexander T. Williams, Anna L. Guyatt, Catherine John, Richard Packer, Altaf Ali, Robert C. Free, Xueyang Wang, Louise V. Wain, Edward J. Hollox, Catherine Bee, Emma L. Adams, Aarno Palotie, Samuli Ripatti, Sanni Ruotsalainen, Kati Kristiansson, Sami Koskelainen, Markus Perola, Kati Donner, Katja Kivinen, Mari Kaunisto, Stéphanie Bibert, Noémie Boillat‐Blanco, Semira Gonseth, Werner C. Albrich, Mathieu Quinodoz, Dhryata Kamdar, Noémie Suh, Dionysios Neofytos, R. Friolet, Mauro Oddo, Friederike Meyer zu Bentrup, A. Conen, Olivier Clerc, Oscar Marchetti, A. Guillet, C. Guyat-Jacques, S. Foucras, M. Rime, J. Chassot, M. Jaquet, R. Merlet Viollet, Y. Lannepoudenx, L. Portopena, F. Desgranges, Paraskevas Filippidis, Benoît Guéry, David Haefliger, Eleftheria Kampouri, Oriol Manuel, Aline Munting, Matthaios Papadimitriou‐Olivgeris, Jean Regina, L. Rochat-Stettler, V. Suttels, Eliana Tadini, J Tschopp, Mathias Van Singer, Benjamin Viala, T. Brahier, Olivier Hügli, J. Y. Meuwly, O. Pantet, Pierre–Yves Bochud, Valérie D’Acremont, S. Estoppey Younes, A. Cerny, L. O’Mahony, C. von Mering, Mirjam Frischknecht, G-R. Kleger, M. Filipovic, C. R. Kahlert, Hannah Wozniak, Tommaso Rochat Negro, J. Pugin, Konstantinos Bouras, C. Knapp, Thomas Egger, A. Perret, P. Montillier, C. di Bartolomeo, Beatrice Barda, Rafael de Cid, Anna Carreras, Vı́ctor Moreno, Manolis Kogevinas, Iván Galván‐Femenía, Natàlia Blay, Xavier Farré, Lauro Sumoy, Beatriz Cortés, Josep M. Mercader, Marta Guindo-Martínez, David Torrents, Judith García‐Aymerich, Gemma Castaño‐Vinyals, Carlota Dobaño, Marco Gori, Alessandra Renieri, Francesca Mari, Mario U. Mondelli, Francesco Castelli, Massimo Vaghi, Stefano Rusconi, Francesca Montagnani, Elena Bargagli, Federico Franchi, Maria Antonietta Mazzei, Luca Cantarini, Danilo Tacconi, Marco Feri, Raffaele Scala, Genni Spargi, Cesira Nencioni, Maria Bandini, Gian Piero Caldarelli, Anna Canaccini, Agostino Ognibene, Antonella d’Arminio Monforte, Massimo Girardis, Andrea Antinori, Daniela Francisci, Elisabetta Schiaroli, Pier Giorgio Scotton, Sandro Panese, Renzo Scaggiante, Matteo Della Monica, Mario Capasso, Giuseppe Fiorentino, Marco Castori, Filippo Aucella, Antonio Di Biagio, Luca Masucci, Serafina Valente, Marco Mandalà, Patrizia Zucchi, Ferdinando Giannattasio, Domenico Coviello, Cristina Mussini, Luisa Tavecchia, Lia Crotti, Marco Rizzi, Maria Teresa La Rovere, Simona Sarzi Braga, Maurizio Bussotti, Sabrina Ravaglia, Rosangela Artuso, Antonio Perrella, Davide Romani, Paola Bergomi, E Catena, Claudio Ferri, Davide Grassi, G Pessina, Mario Tumbarello, Massimo Di Pietro, Sauro Luchi, Simone Furini, Simona Dei, Elisa Benetti, Nicola Picchiotti, Maurizio Sanarico, Stefano Ceri, Pietro Pinoli, Francesco Raimondi, Filippo Biscarini, Alessandra Stella, Kristina Zguro, Katia Capitani, Marco Tanfoni, Chiara Fallerini, Sergio Daga, Margherita Baldassarri, Francesca Fava, Elisa Frullanti, Floriana Valentino, Gabriella Doddato, Annarita Giliberti, Rossella Tita, Sara Amitrano, Mirella Bruttini, Susanna Croci, Ilaria Meloni, Maria Antonietta Mencarelli, Caterina Lo Rizzo, Anna Maria Pinto, Giada Beligni, Andréa Tommasi, Laura Di Sarno, Maria Palmieri, Miriam Lucia Carriero, Diana Alaverdian, Stefano Busani, Raffaele Bruno, Marco Vecchia, Mary Ann Belli, Stefania Mantovani, Serena Ludovisi, Eugenia Quirós-Roldán, Melania Degli Antoni, Isabella Zanella, Matteo Siano, Arianna Emiliozzi, Massimiliano Fabbiani, Barbara Rossetti, Laura Bergantini, Miriana d’Alessandro, Paolo Cameli, David Bennett, Federico Anedda, Simona Marcantonio, Sabino Scolletta, Susanna Guerrini, Edoardo Conticini, Bruno Frediani, Chiara Spertilli, Alice Donati, Luca Guidelli, Marta Corridi, Leonardo Croci, Paolo Piacentini, Elena Desanctis, Silvia Cappelli, Agnese Verzuri, Valentina Anemoli, Alessandro Pancrazzi, Maria Lorubbio, Federica Gaia Miraglia, Sophie Venturelli, Andrea Cossarizza, Alessandra Vergori, Arianna Gabrieli, Agostino Riva, Francesco Paciosi, Francesca Andretta, Francesca Gatti, Saverio Giuseppe Parisi, Stefano Baratti, Carmelo Piscopo, Roberta Russo, Immacolata Andolfo, Achille Iolascon, Massimo Carella, Giuseppe Merla, Gabriella Maria Squeo, Pamela Raggi, Carmen Marciano, Rita Perna, Matteo Bassetti, Maurizio Sanguinetti, Alessia Giorli, Lorenzo Salerni, Pierpaolo Parravicini, E. Menatti, Tullio Trotta, Gabriella Coiro, Fabio Lena, Enrico Martinelli, Sandro Mancarella, Chiara Gabbi, Franco Maggiolo, Diego Ripamonti, Tiziana Bachetti, Claudia Suardi, Gianfranco Parati, Giordano Bottà, Paolo Di Domenico, Ilaria Rancan, Francesco Paolo Bianchi, Riccardo Colombo, Chiara Barbieri, Donatella Acquilini, Elena Andreucci, Francesco Vladimiro Segala, Giusy Tiseo, Marco Falcone, Mirjam Lista, Monica Poscente, Oreste De Vivo, Paola Petrocelli, Alessandra Guarnaccia, Silvia Baroni, David A. van Heel, Karen A. Hunt, Richard C. Trembath, Qin Qin Huang, Hilary C. Martin, Dan Mason, Bhavi Trivedi, John Wright, Sarah Finer, Shaheen Akhtar, Mohammad Yaser Anwar, Elena Arciero, Samina Ashraf, Gerome Breen, Raymond T. Chung, Charles Curtis, Maharun Chowdhury, Grainne Colligan, Panos Deloukas, Ceri Durham, Chris Griffiths, Matt Hurles, Shapna Hussain, Kamrul Islam, Ahsan Ali Khan, Amara Khan, Cath Lavery, Sang Hyuck Lee, Robin G. Lerner, Daniel G. MacArthur, Bev MacLaughlin, Shefa Miah, Nishat Safa, Farah Tahmasebi, Albert V. Smith, Andrew P. Boughton, Kevin Li, Jonathon LeFaive, Aubrey Annis, Ahmadreza Niavarani, Rasoul Aliannejad, Bahareh Sharififard, Ali Amirsavadkouhi, Zeinab Naderpour, Hengameh Ansari Tadi, Afshar Etemadi-Aleagha, Saeideh Ahmadi, Seyed Behrooz Mohseni Moghaddam, Alireza Adamsara, Morteza Saeedi, Hamed Abdollahi, Abdolmajid Hosseini, Pajaree Chariyavilaskul, Watsamon Jantarabenjakul, Nattiya Hirankarn, Monpat Chamnanphon, Thitima B. Suttichet, Vorasuk Shotelersuk, Monnat Pongpanich, Chureerat Phokaew, Wanna Chetruengchai, Opass Putchareon, Pattama Torvorapanit, Thanyawee Puthanakit, Pintip Suchartlikitwong, Voraphoj Nilaratanakul, Pimpayao Sodsai, Ben Brumpton, Kristian Hveem, Cristen J. Willer, Wei Zhou, Tormod Rogne, Erik Solligård, Bjørn Olav Åsvold, Lude Franke, Marike Boezen, Patrick Deelen, Annique Claringbould, Robert Warmerdam, Judith M. Vonk, Irene V. van Blokland, Pauline Lanting, Anil P. S. Ori, Yen‐Chen Anne Feng, Scott T. Weiss, Elizabeth W. Karlson, Jordan W. Smoller, Shawn N. Murphy, James B. Meigs, Ann E. Woolley, Emma Perez, Brooke N. Wolford, Sebastian Zöllner, Jiongming Wang, Andrew F. Beck, Laura Sloofman, Steven Ascolillo, Robert Sebra, Brett Collins, Tess Levy, Joseph D. Buxbaum, Stuart C. Sealfon, Daniel M. Jordan, Ryan C. Thompson, Kyle Gettler, Kumardeep Chaudhary, Gillian M. Belbin, Michael Preuß, Clive Hoggart, Sam Choi, Slayton J. Underwood, Irene Salib, Bari Britvan, Katherine Keller, Lara Tang, Michael Peruggia, Liam L. Hiester, Kristi Niblo, Alexandra Aksentijevich, Alexander Labkowsky, Avrohom Karp, Menachem Zlatopolsky, Marissa Zyndorf, Alexander W. Charney, Noam D. Beckmann, Eric E. Schadt, Noura S. Abul‐Husn, Judy H. Cho, Yuval Itan, Eimear E. Kenny, Ruth J. F. Loos, Girish N. Nadkarni, Ron Do, Paul F. O’Reilly, Laura M. Huckins, Manuel A. R. Ferreira, Gonçalo R. Abecasis, Joseph B. Leader, Michael Cantor, Anne E. Justice, Dave J. Carey, Geetha Chittoor, Navya Shilpa Josyula, Jack A. Kosmicki, Julie Horowitz, Aris Baras, Matthew C. Gass, Ashish Yadav, Tooraj Mirshahi, Meike Bartels, Eco J. C. de Geus, Michel G. Nivard, Anurag Verma, Marylyn D. Ritchie, Daniel J. Rader, Binglan Li, Shefali S. Verma, Anastasia Lucas, Yuki Bradford, Malak Abedalthagafi, Manal Alaamery, Abdulraheem Alshareef, Mona Sawaji, Salam Massadeh, Abdulaziz Almalik, Saleh A. Alqahtani, Dona Baraka, Fawz Al Harthi, Ebtehal Alsolm, Leen Abu Safieh, Albandary M. Alowayn, Fatimah Alqubaishi, Amal Al Mutairi, Serghei Mangul, Mansour Almutairi, Nora Aljawini, Nour Albesher, Yaseen M. Arabi, Ebrahim Mahmoud, Amin Khattab, Roaa T. Halawani, Ziab Z. Alahmadey, Jehad K. Albakri, Walaa A. Felemban, Bandar A. Suliman, Rana Hasanato, Laila Alawdah, Jahad Alghamdi, Deema AlZahrani, Sameera Aljohani, Hani Al-Afghani, Nouf AlDhawi, Hadeel AlBardis, Sarah Alkwai, Moneera Alswailm, Faisal A. Almalki, Maha Albeladi, Iman Almohammed, Eman Barhoush, Anoud Albader, Sara Jeza Alotaibi, Bader Alghamdi, Junghyun Jung, Mohammad Fawzy, May Alrashed, Hugo Zeberg, Lindo Nkambul, Robert Frithiof, Michael Hultström, Miklós Lipcsey, Nicolas Tardif, Olav Rooyackers, Jonathan Grip, Tomislav Maričić, Øyvind Helgeland, Per Magnus, Lill-Iren S. Trogstad, Yunsung Lee, Jennifer R. Harris, Massimo Mangino, Tim D. Spector, Duncan Emma, Loukas Moutsianas, Mark J. Caulfield, Richard H. Scott, Athanasios Kousathanas, Dorota Pasko, Susan Walker, Alexander Stuckey, Christopher A. Odhams, Daniel R. Rhodes, Tom Fowler, Augusto Rendon, G. C. Chan, Prabhu Arumugam, Konrad J. Karczewski, Alicia R. Martin, Daniel J. Wilson, Chris C.A. Spencer, Derrick W. Crook, David Wyllie, Anne Marie O’Connell, Elizabeth G. Atkinson, Kristin Tsuo, Nikolas Baya, Patrick Turley, Rahul Gupta, Raymond K. Walters, Duncan S. Palmer, Gopal Sarma, Nathan Cheng, Wenhan Lu, Claire Churchhouse, Jacqueline I. Goldstein, Daniel L. King, Cotton Seed, Hilary K. Finucane, Sam Bryant, F. Kyle Satterstrom, Gavin Band, Sarah G. Earle, Shang‐Kuan Lin, Nicolas Arning, Nils Koelling, Jacob Armstrong, Justine Rudkin, Shawneequa Callier, Caroline Cusick, Nicole Soranzo, Jing Zhao, John Danesh, Emanuele Di Angelantonio, Adam S. Butterworth, Yan V. Sun, Jennifer E. Huffman, Kelly Cho, Christopher J. O’Donnell, Philip S. Tsao, J. Michael Gaziano, Gina M. Peloso, Yuk‐Lam Ho, Sandra Smieszek, Christos Polymeropoulos, Vasilios M. Polymeropoulos, Mihael H. Polymeropoulos, Bartlomiej Przychodzen, Israel Fernández‐Cadenas, Anna M. Planas, Jordi Pérez‐Tur, Laia Llucià‐Carol, Natàlia Cullell, Elena Muiño, Jara Cárcel‐Márquez, Marta L. DeDiego, L. Lloret Iglesias, Àlex Soriano, Verónica Rico, Daiana Agüero, Josep Lluís Bedini, Francisco Lozano, Carlos Domingo, Verónica Robles, Francisca Ruíz-Jaén, Leonardo Márquez, Juan Manuel López Gómez, Eliécer Coto, Guillermo M. Albaiceta, Marta García‐Clemente, David Dalmau, María J. Arranz, Beatriz Dietl, Alex Serra-Llovich, Roger Colobrán, Andrea Martín‐Nalda, Alba Parra-Martínez, David Bernardo, Silvia Rojo, Aida Fiz‐López, Elisa Arribas‐Rodríguez, Paloma Cal‐Sabater, Tomás Segura, Esther González-Villa, Gemma Serrano‐Heras, Joan Martí‐Fábregas, Elena Jiménez‐Xarrié, Alicia de Felipe Mimbrera, Jaime Masjuán, Sebastián García‐Madrona, Anna Domínguez-Mayoral, Paloma Menéndez-Valladares, Daniel I. Chasman, Howard D. Sesso, JoAnn E. Manson, Julie E. Buring, Paul M. Ridker, Franco Giulianini, Lea K. Davis, Sulggi A. Lee, James R. Priest, Vijay G. Sankaran, V. Eric Kerchberger
Notice bibliographique
RevueNature · 2022
Typeletter
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueSARS-CoV-2 and COVID-19 Research
Établissements canadiensMcGill University Health CentreUniversité de MontréalMcGill Genome CentreJewish General HospitalCentre Hospitalier de l’Université de MontréalMcGill University
Organismes subventionnairesMedical Research CouncilNational Institutes of HealthWellcome TrustNational Institute of Environmental Health SciencesEuropean Hematology Association
Mots-clésCoronavirus disease 2019 (COVID-19)2019-20 coronavirus outbreakSevere acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)ArchitectureComputational biologyBiologyEvolutionary biologyComputer scienceVirologyGeographyMedicineDiseaseOutbreakInfectious disease (medical specialty)
Résumé
The COVID-19 pandemic continues to pose a major public health threat,\nespecially in countries with low vaccination rates. To better understand\nthe biological underpinnings of SARS-CoV-2 infection and COVID-19\nseverity, we formed the COVID-19 Host Genetics Initiative1\n. Here we\npresent a genome-wide association study meta-analysis of up to 125,584\ncases and over 2.5 million control individuals across 60 studies from\n25 countries, adding 11 genome-wide significant loci compared with\nthose previously identified2\n. Genes at new loci, including SFTPD, MUC5B\nand ACE2, reveal compelling insights regarding disease susceptibility\nand severity
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Intégrité de la recherche
Catégories consensuellesIntégrité de la recherche
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Commentaire · Signal consensuel: Commentaire
Score de désaccord entre enseignants0,021
Score d'incertitude au seuil1,000
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,024 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
Tête enseignante Opus0,040
Tête enseignante GPT0,340
Écart entre enseignants0,300 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validation
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreCommentaire
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».
En bref
Citations174
Publié2022
Routes d'admission1
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