CGIAR BARLEY BREEDING TOOLBOX: A diversity panel to facilitate breeding and genomic research in the Developing World
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Despite the reduced cost of the new genotyping technologies, many public and private breeding programs, mostly in developing countries, still cannot afford them, hindering their research. The objective of the present study was to identify and assemble an Association Mapping panel of widely diverse barley genotypes to serve as a barley breeding toolbox, especially for the Developing World. The main criteria were: i) to be representative of the germplasm grown in the Developing World; ii) to cover a wide range of genetic variability and iii) to be of public domain. For it, we assembled and genotyped a Global Barley Panel (GBP) of 530 genotypes representing a wide range of row-types, end-uses, growth habits, geographical origins and environmental conditions. The GBP accessions were genotyped using the barley Infinium iSelect 50K chip. A total of 40,342 SNP markers were polymorphic and displayed an average polymorphism information content (PIC) of 0.35, with 66% of them exceeding PIC=0.25. The analysis of the population structure identified 8 sub-populations mostly linked to the geographical origin of the lines (Europe, Australia, USA, Canada, Africa, Latin-America, ICARDA and others), four of them of significant ICARDA origin. The 16 allele combinations at 4 major flowering genes (HvVRN-H3, HvPPD-H1, HvVRN-H1 and HvCEN) explained 11.07% genetic variation and were linked to the geographic origins of the lines studied. Among origins, ICARDA material (n= 257) showed wide diversity as revealed by the highest number of polymorphic loci (99.76% of all polymorphic SNPs in GBP), number of private alleles and Nei’s gene diversity and the fact that ICARDA lines were present in all 8 sub-populations and carried all 16 allelic combinations at phenology genes. Due to their genetic diversity and their representativity of the germplasm adapted to the Developing World, 312 ICARDA lines and cultivated landraces were pre-selected to form the CGIAR Barley Breeding Toolbox (CBBT). Using the genotypic data and the Mean of Transformed Kinships method, we assembled the CBBT, an Association Mapping panel of 250 accessions capturing most of the allelic diversity in the global panel. The CBBT preserves a good balance between row types as well as a good representation of both allelic combinations identified at most important phenological loci and sub-populations of the GBP. The CBBT lines together with their genotypic data will be made available to breeders and researchers worldwide to serve as a collaborative tool to underpin the genetic mechanisms of traits of interest for barley cultivation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».