Ultrafast analysis of peptides by laser diode thermal desorption–triple quadrupole mass spectrometry
Notice bibliographique
Résumé
Rationale The COVID‐19 pandemic demonstrated the importance of high‐throughput analysis for public health. Given the importance of surface viral proteins for interactions with healthy tissue, they are targets of interest for mass spectrometry‐based analysis. For that reason, the possibility of detecting and quantifying peptides using a high‐throughput technique, laser diode thermal desorption–triple quadrupole mass spectrometry (LDTD‐QqQMS), was explored. Methods Two peptides used as models for small peptides (leu‐enkephalin and endomorphin‐2) and four tryptic peptides (GVYYPDK, NIDGYFK, IADYNYK, and QIAPGQTGK) specific to the SARS‐CoV‐2 Spike protein were employed. Target peptides were analyzed individually in the positive mode by LDTD‐QqQMS. Peptides were quantified by internal calibration using selected reaction monitoring transitions in pure solvents and in samples spiked with 20 μg mL −1 of a bovine serum albumin tryptic digest to represent real analysis conditions. Results Low‐energy fragment ions ( b and y ions) as well as high‐energy fragment ions ( c and x ions) and some of their corresponding water or ammonia losses were detected in the full mass spectra. Only for the smallest peptides, leu‐enkephalin and endomorphin‐2, were [M + H] + ions observed. Product ion spectra confirmed that, with the experimental conditions used in the present study, LDTD transfers a considerable amount of energy to the target peptides. Quantitative analysis showed that it was possible to quantify peptides using LDTD‐QqQMS with acceptable calibration curve linearity ( R 2 > 0.99), precision (RSD < 18.2%), and trueness (bias < 8.3%). Conclusions This study demonstrated for the first time that linear peptides can be qualitatively and quantitatively analyzed using LDTD‐QqQMS. Limits of quantification and dynamic ranges are still inadequate for clinical applications, but other applications where higher levels of proteins must be detected could be possible with LDTD. Given the high‐throughput capabilities of LDTD‐QqQMS (>15 000 samples in less than 43 h), more studies are needed to improve the sensitivity for peptide analysis of this technique.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».