Identification of a genomic region containing genes involved in resistance to four pathotypes of <i>Plasmodiophora brassicae</i> in <i>Brassica rapa</i> turnip ECD02
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Clubroot, caused by Plasmodiophora brassicae , is an important disease of brassica crops worldwide. Vegetable turnip ( Brassica rapa L.) have proven to be a source of clubroot resistance genes effective against many pathotypes of P. brassicae . The F 1 progeny from the cross B. rapa canola ACDC (susceptible, S) × B. rapa turnip ECD02 (resistant, R) were backcrossed with ACDC, then self‐pollinated to produce BC 1 S 1 lines. All the F 1 plants were resistant to four pathotypes (3A, 3D, 3H, and 5X) of P. brassicae . Segregation for R and S in BC 1 to each pathotype was 1:1 and resistance reactions were highly correlated. From whole genome sequencing, 192.1 M sequences with 96% template coverage from ECD02, and 478.9 M sequences with 92% coverage from ACDC, were aligned with the reference genome of B. rapa . Genotyping‐by‐sequencing was performed on the BC 1 population. The number of aligned short reads per plant in the BC 1 ranged from 1.4 to 8.5 M sequences with 4–8% template coverage. We obtained 1,344 high‐quality single‐nucleotide polymorphism (SNP) loci with a mean missing rate at 0.27% and distributed them on 10 chromosomes. A single co‐localized quantitative trait loci (QTL), designated as Rcr9 ECD02 on chromosome A08, conferred resistance to the four pathotypes. The QTL explained 68.9–74.4% of phenotypic variation with the logarithm of the odds values of 24.3 to 31.1. Bulked segregant analysis was performed, and 14 SNP markers linked to the gene were developed using the Kompetitive Allele Specific PCR. Rcr9 ECD02 was mapped into an interval of 2.2 cM, flanked by CF_A08_10664692 and CF_A08_12230973, which spanned 1.51 Mb on the chromosome and included 219 B. rapa genes. Four of these genes ( BraA08g012910.3C , BraA08g012920.3C , BraA08g013130.3C , and BraA08g013630.3C ) encoded disease resistance proteins.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».