Characterization of the Viral Reservoirs Among HIV-1 Non-B Vertically Infected Adolescents Receiving Antiretroviral Therapy: Protocol for an Observational and Comparative Study in Cameroon
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Antiretroviral therapy (ART) can bring HIV-1 levels in blood plasma to the undetectable level and allow a near-normal life expectancy for HIV-infected individuals. Unfortunately, ART is not curative and must be taken for life, because within a few weeks of treatment cessation, HIV viremia rebounds in most patients except for rare elite or posttreatment controllers of viremia. The primary source of this rebound is the highly stable reservoir of latent yet replication-competent HIV-1 proviruses integrated into the genomic DNA of the resting memory cluster of differentiation 4 (CD4+) T cells. To achieve a cure for HIV, understanding the cell reservoir environment is of paramount importance. The size and nature of the viral reservoir might vary according to the timing of therapy, therapeutic response, ART duration, and immune response. The mechanisms of reservoir maintenance generally depend on the levels/type of immune recognition; in addition, the dynamics of viral persistence are different between pediatric and adult populations. This difference could become more evident as children grow toward adolescence. OBJECTIVE: We aim to characterize the HIV reservoirs and their variability as per the virological and immunological profiles of HIV-1 non-B vertically infected adolescents receiving ART in Cameroon during the Adolescents' Viral Reservoirs study to provide accurate and reliable data for HIV cure research. METHODS: This study will involve HIV-1 non-B vertically infected adolescents selected from an existing cohort in our institution. Blood samples will be collected for analyzing immunological/virological profiles, including CD4/CD8 count, plasma viral load, immune activation/inflammatory markers, genotyping, and quantification of HIV-1 viral reservoirs. We will equally recruit an age-matched group of HIV-negative adolescents as control for immunological profiling. RESULTS: This study received funding in November 2021 and was approved by the national institutional review board in December 2021. Sample collection will start in November 2022, and the study will last for 18 months. The HIV-1 sequences generated will provide information on the circulating HIV-1 subtypes to guide the selection of the most appropriate ART for the participants. The levels of immune biomarkers will help determine the immune profile and help identify factors driving persistent immune activation/inflammation in HIV-infected adolescents compared to those in HIV-uninfected adolescents. Analysis of the virological and immunological parameters in addition to the HIV-1 reservoir size will shed light on the characteristics of the viral reservoir in adolescents with HIV-1 non-B infection. CONCLUSIONS: Our findings will help in advancing the knowledge on HIV reservoirs, in terms of size and genetic variability in adolescents living with HIV. Such evidence will also help in understanding the effects of ART timing and duration on the size of the reservoirs among adolescents living with HIV-a unique population from whom the findings generated will largely contribute to designing functional cure strategies. INTERNATIONAL REGISTERED REPORT IDENTIFIER (IRRID): PRR1-10.2196/41473.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,009 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,010 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».