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Enregistrement W4292534109 · doi:10.1101/2022.08.09.503251

Semi-Self-Supervised Learning for Semantic Segmentation in Images with Dense Patterns

2022· preprint· en· W4292534109 sur OpenAlexaff
Keyhan Najafian, Alireza Ghanbari, Mahdi Sabet Kish, Mark Eramian, Gholam Hassan Shirdel, Ian Stavness, Lingling Jin, Farhad Maleki

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueSmart Agriculture and AI
Établissements canadiensUniversity of CalgaryUniversity of Saskatchewan
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésComputer scienceSegmentationAnnotationArtificial intelligenceDicePattern recognition (psychology)Deep learningSørensen–Dice coefficientDomain (mathematical analysis)Field (mathematics)Domain adaptationPixelImage segmentationClassifier (UML)

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Deep learning has shown potential in domains where large-scale annotated datasets are available. However, manual annotation is expensive, time-consuming, and tedious. Pixel-level annotations are particularly costly for semantic segmentation in images with dense irregular patterns of object instances, such as in plant images. In this work, we propose a method for developing high-performing deep learning models for semantic segmentation of wheat heads utilizing little manual annotation. We simulate a computationally-annotated dataset using a few annotated images, a short unannotated video clip of a wheat field, and several video clips from fields with no wheat. This dataset is then used to train a customized U-Net model for wheat head segmentation. Considering the distribution shift between the simulated and real data, we apply three domain adaptation steps to gradually bridge the domain gap. Only using two annotated images, we achieved a Dice score of 0.89 on the internal test set, i.e., images extracted from the wheat field video. The model trained using only two annotated images was evaluated on a diverse external dataset collected from 18 different domains across five countries and achieved a Dice score of 0.73. To further expose the model to images from different growth stages and environmental conditions, we incorporated two annotated images from each of the 18 domains and further fine-tuned the model. This resulted in improving the Dice score to 0.91. These promising results highlight the utility of the proposed approach in the absence of large-annotated datasets. Although the utility of the proposed method is shown on a wheat head dataset, it can be extended to other segmentation tasks with similar characteristics of irregularly repeating patterns of object instances.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,007
Score d'incertitude au seuil0,014

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,004
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0020,001
Intégrité de la recherche0,0020,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,201
Écart entre enseignants0,190 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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