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Enregistrement W4292729083 · doi:10.1186/s12859-022-04882-w

Learning to detect boundary information for brain image segmentation

2022· article· en· W4292729083 sur OpenAlexaff
Afifa Khaled, Jian-Jun Han, Taher A. Ghaleb

Notice bibliographique

RevueBMC Bioinformatics · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineComputer Science
ThématiqueAdvanced Neural Network Applications
Établissements canadiensUniversity of Ottawa
Organismes subventionnairesNational Natural Science Foundation of ChinaNational Science Foundation
Mots-clésSegmentationComputer scienceBoundary (topology)Artificial intelligenceImage segmentationPattern recognition (psychology)Sørensen–Dice coefficientComputer visionContext (archaeology)Scale-space segmentationMathematicsBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

MRI brain images are always of low contrast, which makes it difficult to identify to which area the information at the boundary of brain images belongs. This can make the extraction of features at the boundary more challenging, since those features can be misleading as they might mix properties of different brain regions. Hence, to alleviate such a problem, image boundary detection plays a vital role in medical image segmentation, and brain segmentation in particular, as unclear boundaries can worsen brain segmentation results. Yet, given the low quality of brain images, boundary detection in the context of brain image segmentation remains challenging. Despite the research invested to improve boundary detection and brain segmentation, these two problems were addressed independently, i.e., little attention was paid to applying boundary detection to brain segmentation tasks. Therefore, in this paper, we propose a boundary detection-based model for brain image segmentation. To this end, we first design a boundary segmentation network for detecting and segmenting images brain tissues. Then, we design a boundary information module (BIM) to distinguish boundaries from the three different brain tissues. After that, we add a boundary attention gate (BAG) to the encoder output layers of our transformer to capture more informative local details. We evaluate our proposed model on two datasets of brain tissue images, including infant and adult brains. The extensive evaluation experiments of our model show better performance (a Dice Coefficient (DC) accuracy of up to [Formula: see text] compared to the state-of-the-art models) in detecting and segmenting brain tissue images.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,008

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,002
Science ouverte0,0020,001
Intégrité de la recherche0,0020,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,272
Écart entre enseignants0,256 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations8
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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