Synthesis of <i>Ortho</i>‐Functionalized Tetrachlorinated Azobenzene Phosphoramidites for Incorporation Into siRNAzos for Photocontrolled Gene Silencing
Notice bibliographique
Résumé
Abstract This paper contains the detailed synthesis and characterization protocols of ortho‐functionalized tetrachlorinated azobenzene‐containing small interfering RNAs (siRNAs), which have photoswitchable properties effectively controlled with visible light. To design this tetrachlorinated azobenzene scaffold, a late‐stage chlorination with N‐chlorosuccinimide and palladium is used. Next, a single hydroxyl group from the tetrachlorinated azobenzene is protected with a 4,4′‐dimethoxytrityl (DMT) group, followed by phosphitylation with 2‐cyanoethyl‐N,N‐diisopropylchlorophosphoramidite. These phosphoramidite monomers are compatible with automated solid‐phase oligonucleotide synthesis to generate tetrachlorinated azobenzene‐containing oligonucleotides. This paper also contains the detailed biophysical characterization, biological testing, and photo‐switching protocols of ortho‐functionalized chlorinated azobenzene‐containing siRNAs (Cl‐siRNAzos), which have photoswitchable properties that can be controlled with visible light. First, the Cl‐siRNAzos are characterized by annealing the sense and antisense strands together and then measuring the circular dichroism (CD) profile, and the melting temperatures (Tm) of the duplexes. Secondly, the biological testing of the Cl‐siRNAzos in cell culture is done to determine their gene silencing efficacy. Finally, their gene‐silencing activities are measured after exposure to red light in order to inactivate the Cl‐siRNAzo, and then either violet light or infrared thermal relaxation is deployed, which re‐activates the Cl‐siRNAzo. © 2022 Wiley Periodicals LLC. Basic Protocol 1: Synthesis of 4,4′‐bis(hydroxyethyl) ortho‐functionalized tetrachlorinated azobenzene phosphoramidite (5) Basic Protocol 2: Synthesis, purification, and characterization of siRNAs containing ortho‐functionalized tetrachlorinated azobenzene Basic Protocol 3: Gene‐silencing evaluation of ortho‐functionalized tetrachlorinated azobenzene using firefly luciferase
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».