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Enregistrement W4292977925 · doi:10.1182/blood.2022015854

Genomic profiling for clinical decision making in lymphoid neoplasms

2022· article· en· W4292977925 sur OpenAlexaff
Laurence de Leval, Ash A. Alizadeh, P. Leif Bergsagel, Elı́as Campo, Andrew Davies, Ahmet Doǧan, Jude Fitzgibbon, Steven M. Horwitz, Ari Melnick, William G. Morice, Ryan D. Morin, Bertrand Nadel, Stefano Pileri, Richard Rosenquist, Davide Rossi, Itziar Salaverría, Christian Steidl, Steven P. Treon, Andrew D. Zelenetz, Ranjana H. Advani, Carl E. Allen, Stephen M. Ansell, Wing C. Chan, James R. Cook, Lucy Cook, Francesco d’Amore, Stefan Dirnhofer, Martin Dreyling, Kieron Dunleavy, Andrew L. Feldman, Falko Fend, Philippe Gaulard, Paolo Ghia, John G. Gribben, Olivier Hermine, Daniel J. Hodson, Eric D. Hsi, Giorgio Inghirami, Elaine S. Jaffe, Kennosuke Karube, Keisuke Kataoka, Wolfgang Hiddemann, Won Seog Kim, Rebecca L. King, Young Hyeh Ko, Ann S. LaCasce, Georg Lenz, José I. Martín‐Subero, Miguel Á. Piris, Stefania Pittaluga, Laura Pasqualucci, Leticia Quintanilla‐Martínez, Scott J. Rodig, Andreas Rosenwald, Gilles Salles, Jesús F. San Miguel, Kerry J. Savage, Laurie H. Sehn, Gianpietro Semenzato, Louis M. Staudt, Steven H. Swerdlow, Constantine S. Tam, Judith Trotman, Julie M. Vose, Oliver Weigert, Wyndham H. Wilson, Jane N. Winter, Catherine J. Wu, Pier Luigi Zinzani, Emanuele Zucca, Adam Bagg, David W. Scott

Notice bibliographique

RevueBlood · 2022
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueLymphoma Diagnosis and Treatment
Établissements canadiensUniversity of British ColumbiaSpinal Cord Injury BCSimon Fraser University
Organismes subventionnairesEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentNational Cancer InstituteCancer Research UKBarts Charity
Mots-clésComputational biologyDiseaseGenomicsImmunophenotypingEpigeneticsBiologyGenomeBioinformaticsMedicinePathologyGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

With the introduction of large-scale molecular profiling methods and high-throughput sequencing technologies, the genomic features of most lymphoid neoplasms have been characterized at an unprecedented scale. Although the principles for the classification and diagnosis of these disorders, founded on a multidimensional definition of disease entities, have been consolidated over the past 25 years, novel genomic data have markedly enhanced our understanding of lymphomagenesis and enriched the description of disease entities at the molecular level. Yet, the current diagnosis of lymphoid tumors is largely based on morphological assessment and immunophenotyping, with only few entities being defined by genomic criteria. This paper, which accompanies the International Consensus Classification of mature lymphoid neoplasms, will address how established assays and newly developed technologies for molecular testing already complement clinical diagnoses and provide a novel lens on disease classification. More specifically, their contributions to diagnosis refinement, risk stratification, and therapy prediction will be considered for the main categories of lymphoid neoplasms. The potential of whole-genome sequencing, circulating tumor DNA analyses, single-cell analyses, and epigenetic profiling will be discussed because these will likely become important future tools for implementing precision medicine approaches in clinical decision making for patients with lymphoid malignancies.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,053
Score d'incertitude au seuil0,315

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,041
Tête enseignante GPT0,357
Écart entre enseignants0,315 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations161
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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