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Enregistrement W4292984447 · doi:10.1101/2022.08.22.504834

Mapping of genomic regions linked to stemphylium blight ( <i>Stemphylium botryosum</i> Wallr.) resistance in lentil using linkage mapping and marker-trait association analysis

2022· preprint· en· W4292984447 sur OpenAlexafffundabout
Stanley Adobor, Tadesse S. Gela, Sabine Banniza, Albert Vandenberg

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueGenetic and Environmental Crop Studies
Établissements canadiensUniversity of Saskatchewan
Organismes subventionnairesSaskatchewan Pulse GrowersMinistry of Agriculture - Saskatchewan
Mots-clésBiologyQuantitative trait locusIntrogressionBackcrossingBlightPlant disease resistanceMarker-assisted selectionGenetic markerCultivarGeneticsHorticultureGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Stemphylium blight caused by Stemphylium botryosum , is a foliar disease of lentil. It affects the productivity and milling quality of lentil crops, mainly in South Asia and Canada. Development of stemphylium blight resistant cultivars by introgression of resistance alleles from crop wild relatives of lentil, such as Lens ervoides , is one strategy of disease control. The objective of this study was to identify genomic regions associated with stemphylium blight resistance by combining linkage mapping and marker-trait association analysis. A total of 182 genotypes of a lentil advanced backcross population (LABC-01) developed from the backcross of the interspecific L. culinaris × L. ervoides line LR-59-81 (donor) and cultivar CDC Redberry (recurrent) and 101 diverse lentil accessions selected by stratified random sampling from a lentil diversity panel were genotyped and evaluated for stemphylium blight reactions. Quantitative trait locus (QTL) analysis identified four loci contributing to stemphylium blight resistance on lentil chromosomes 2, 4 and 5. Marker trait association analysis detected five significant single nucleotide polymorphism (SNP) markers associated with stemphylium blight resistance within QTLs regions and seven SNP markers outside the QTLs regions on chromosomes 1, 2, 3, 5, and 7. The markers associated with stemphylium blight resistance may be useful for marker-assisted selection of resistant cultivars after validation.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,712
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,019
Tête enseignante GPT0,197
Écart entre enseignants0,178 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2022
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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