Changes In Rna Subclass Expression During Lung Development In The Nitrofen Rat Model Of Congenital Diaphragmatic Hernia
Notice bibliographique
Résumé
Babies with congenital diaphragmatic hernia (CDH) have a hole in the diaphragm and abnormal lung development resulting in pulmonary hypoplasia and persistent pulmonary hypertension. CDH leads all birth defects with the highest death rate among neonates. Nitrofen (2,4-diclorophenyl-pnitrophenyl ether) is a pesticide that induces CDH and pulmonary hypoplasia in rodents in a strikingly similar pattern to humans. To date, the mechanism underlying nitrofen-induced lung hypoplasia is not well defined. We aimed to identify regulatory microRNA interactions with organogenesis networks associated with nitrofen in a rodent model of CDH. Methods: We used Next Generation Sequencing technology to profile changes in expression of RNA subclasses from fetal rat lungs at embryonic day E13.5 upon treatment of dams with nitrofen or vehicle olive oil at E9. A dataset of significantly different mRNA, miRNA, tRNA, rRNA, snRNA and snoRNA were generated. After normalization, mRNA-encoding genes and miRNAs found to be significantly different were selected and identified through fold-change filtering. Selected genes were annotated for biological functions before a subsample was validated using RT-qPCR. Selected miRNAs and their corresponding human orthologous were identified using mirBase and mirOrtho databases. Rat miRNAs and their corresponding human orthologous sequences were clustered and analyzed for their structure conservation and function relatedness using a phylogeny inference approach. Results: Nitrofen treatment induced 87 mRNA genes by more than 2 fold while 112 other genes were downregulated by at least 2 fold. mRNA gene expression was found to be organized into several clusters including extrinsic apoptotic signaling, thymic T cell selection, ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis, water transport, sterol biosynthetic processes, iron transmembrane transporters, potassium ion transmembrane transport and was also involved in amphetamine treatment. Conclusion: The obtained transcriptomes for control and nitrofen-induced hypoplastic lungs will help guide our future experiments to describe CDH-relevant miRNA evolutionary conservation between rats and humans and the expression correlation with their mRNA targets.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».