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Enregistrement W4293068320 · doi:10.1101/2022.08.17.504342

A Simplified Function-First Method for the Discovery and Optimization of Bispecific Immune Engaging Antibodies

2022· preprint· en· W4293068320 sur OpenAlexaff
Alex Shepherd, Bigitha Bennychen, Anne Marcil, Darin Bloemberg, Rob Pon, Risini D. Weeratna, Scott McComb

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueMonoclonal and Polyclonal Antibodies Research
Établissements canadiensNational Research Council CanadaInstitute of Infection and ImmunityUniversity of Ottawa
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésJurkat cellsAntigenComputational biologyAntibodyModular designImmune systemCD3T cellChemistryBiologyCancer researchComputer scienceImmunology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Bi-specific T-cell engager antibodies (BITEs) are synthetic soluble molecules derived from antibodies that induce active contact between T-cells and other target cells in the body. BITE therapeutics have shown great promise for the treatment of various forms of cancer; however, the current development process for BITEs is time consuming and costly. BITE development requires empirical testing and characterization of the individual antigen binding domains, followed by extensive engineering and optimization in bi-specific molecular format to generate a molecule with strong biological activity and appropriate characteristics for clinical development. Here, we sought to create a cost efficient high-throughput method for creating and evaluating BITEs using a simplified function first approach to identify bioactive molecules without purification. Using a plasmid with a modular structure to allow high efficiency exchange of either binder arm, we established a simple method to combine many novel tumour-targeting single chain variable (scFv) domains with the well-characterized OKT3 scFv CD3-targeting domain. After generating these novel plasmids, we demonstrate two systems for high throughput functional screening of BITE molecules based on Jurkat T cells (referred to as BITE-J). Using BITE-J we evaluate four EGFRvIII BITEs, identifying two constructs with superior activity. We then confirmed this activity in primary T cells, where novel EGFRvIII-BITEs induced T cell activation and antigen selective tumor killing. We also demonstrate that we can similarly exchange the CD3-interacting element of our bi-modular plasmid. By testing several novel CD3-targeting scFv elements for activity in EGFRvIII-targeted BITEs, we were able to identify highly active BITE molecules with desirable properties for downstream development. In summary, BITE-J presents a low cost, high-throughput method for the rapid assessment of novel BITE molecules without the need for purification and quantification.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,029
Tête enseignante GPT0,287
Écart entre enseignants0,259 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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