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Enregistrement W4293092892 · doi:10.1101/2022.08.23.504933

Digital polarimetric second harmonic generation microscopy of partially oriented fiber structures

2022· preprint· en· W4293092892 sur OpenAlexaff
Mehdi Alizadeh, Serguei Krouglov, Virginijus Barzda

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAdvanced Fluorescence Microscopy Techniques
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésSecond-harmonic generationMicroscopyPolarimetrySecond-harmonic imaging microscopyOpticsPolarization (electrochemistry)MicroscopeMaterials scienceOptical microscopeChemistryPhysicsScanning electron microscopeLaserScattering

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Second harmonic generation (SHG) in biological tissue originates predominantly from noncentrosymmetric fibrillar structures partially oriented within the focal volume (voxel) of a multiphoton excitation microscope. The study is aimed to elucidate fibrillar organization factors influencing SHG intensity, as well as achiral, R, and chiral, C, nonlinear susceptibility tensor component ratios. SHG response is calculated for various configurations of fibrils in a voxel using digital nonlinear microscope. The R and C ratios are calculated using linear incident and outgoing polarization states that simulate polarization-in polarization-out (PIPO) polarimetric measurements. The investigation shows strong SHG intensity dependence on parallel/antiparallel fiber organization. The R and C ratio is strongly influenced by the fiber chirality, tilting of the fibers out of image plane and crossing of the fibers. The study facilitates interpretation of polarimetric SHG microscopy images in terms of ultrastructural organization of fibers in the imaged structures. Statement of Significance Second harmonic generation microscopy is widely used for imaging non-centrosymmetric biological structures such as collagen. The ultrastructure of collagen can be determined with polarimetric SHG microscopy. The coherent nonlinear response of biological structures depends on the 3D orientations and positions of the collagen fibers in the focal volume of the microscope. Here, we show how different fiber organizations and 3D orientations in the focal volume can affect the polarimetric SHG responses. The results are important for understanding and interpreting images obtained with polarimetric SHG microscopy.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,248
Écart entre enseignants0,238 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations6
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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