A call for clean code to effectively communicate science
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Effective coding is fundamental to the study of biology. Computation underpins most research, and reproducible science can be promoted through clean coding practices. Clean coding is crafting code design, syntax and nomenclature in a manner that maximizes the potential to communicate its intent with other scientists. However, computational biologists are not software engineers, and many of our coding practices have developed ad hoc without formal training, often creating difficult‐to‐read code for others. Hard‐to‐understand code can thus be limiting our efficiency and ability to communicate as scientists with one another. The purpose of this paper is to provide a primer on some of the practices associated with crafting clean code by synthesizing a transformative text in software engineering along with recent articles on coding practices in computational biology. We review past recommendations to provide a series of best practices that transform coding into a human‐accessible form of communication. Three common themes shared in this synthesis are the following: (a) code has value and you are responsible for its organization to enable clear communication , (b) use a formatting style to guide writing code that is easily understandable and consistent and (c) apply abstraction to emphasize important elements and declutter. While many of the provided practices and recommendations were developed with computational biologists in mind, we believe there is wider applicability to any biologist undertaking work in data management or statistical analyses. Clean code is thus a crucial step forward in resolving some of the crisis in reproducibility for science.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,053 | 0,009 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle