River-of-origin assignment of migratory Striped Bass, with implications for mixed-stock analysis
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Objective The Striped Bass Morone saxatilis is an anadromous teleost with a native range extending north from the Gulf of Mexico into Canadian waters. Far-ranging coastal migrations support one of the most popular recreational fisheries in the United States. Identifying the underlying population genetic structure of the spawning populations and the genetic markers capable of differentiating among them advances our understanding of these economically and ecologically important fish and enables more targeted management to occur. Methods We used a restriction site-associated DNA sequencing approach to identify neutral and adaptive single-nucleotide polymorphisms (SNPs), and we determined the population genetic structure of 438 adult Striped Bass sampled from nine spawning locations along the Atlantic coast from the Roanoke River, United States, to the Miramichi River, Canada. Result The two Canadian populations (Shubenacadie and Miramichi rivers) were genetically distinct from U.S. populations and from each other. Neutral loci differentiated Striped Bass from U.S. waters into four genetically distinct populations: Roanoke River, Hudson–Kennebec River, Upper Chesapeake Bay–Potomac River–Delaware River, and Choptank River (eastern Chesapeake Bay). Outlier loci further differentiated the Delaware River from the Chesapeake Bay tributaries, suggesting that there may be local adaptation in the face of gene flow. We identified 1300 highly informative SNPs (the top 10% [with respect to the genetic differentiation index FST] of the full suite of 13,361 SNPs in our study) capable of assigning fish with at least 90% accuracy to their river of origin; through simulations, we established their applicability for conducting robust mixed-stock analyses of the coastal migratory Striped Bass fishery. Conclusion This study demonstrated that neutral and adaptive loci together provide evidence for fine-scale population structure of migratory Striped Bass, and these loci provide the most informative genetic panel for mixed-stock analysis of Striped Bass to date, capable of assigning fish to their spawning river of origin.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».