Molecular characters of Boleodorus thylactus (Nematoda) associated with avocado (Persea americana) using ITS rDNA from regions of South Africa
Notice bibliographique
Résumé
Plant-parasitic nematodes are the main challenge for fruit production in Limpopo Province, South Africa. Besides, the family Tylenchidae are ectoparasite, affecting the yield in a high population. Boleodorus species are not being reported from avocado in South Africa; therefore, its identification is vital to avocado farmers. Hence, molecular study for its accurate identification is needed. This molecular study was conducted in 2022 at the University of Limpopo to identify the nematodes from South African soil associated with crops and trees. First, the recovered nematode was extracted using the tray method, and then its DNA was extracted using the chelex method. Afterward, ITS rDNA was amplified using specific primers to identify the nematode. The Nblast analysis based on the ITS rDNA showed 100% similarity with a population of Boleodorus thylactus (MZ099822, MZ099823) from Canada. In addition, phylogenetic analysis using the maximum likelihood method as implemented in mega x software was done. The phylogenetic analysis put the South African populations of B. thylactus together with other B. thylactus with a 100-bootstrap value. In conclusion, this species' diversity needs to be investigated to determine the impact of this nematode on the avocado yield.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».