Genomic epidemiology of the cholera outbreak in Yemen reveals the spread of a multi-drug resistance plasmid between diverse lineages of <i>Vibrio cholerae</i>
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The humanitarian crisis in Yemen led in 2016 to the biggest cholera outbreak documented in modern history, with more than 2.5 million suspected cases to date. In late 2018, epidemiological surveillance showed that V. cholerae isolated from cholera patients had turned multi-drug resistant (MDR). We generated genomes from 260 isolates sampled in Yemen between 2018 and 2019 to identify a possible shift in circulating genotypes. 84% of V. cholerae isolates were serogroup O1 belonging to the seventh pandemic El Tor (7PET) lineage, sublineage T13 – same as in 2016 and 2017 – while the remaining 16% of strains were non-toxigenic and belonged to divergent V. cholerae lineages, likely reflecting sporadic gut colonisation by endemic strains. Phylogenomic analysis reveals a succession of T13 clones, with 2019 dominated by a clone that carried an IncC-type plasmid harbouring an MDR pseudo-compound transposon (PCT). Identical copies of these mobile elements were found independently in several unrelated lineages, suggesting exchange and recombination between endemic and epidemic strains. Treatment of severe cholera patients with macrolides in Yemen from 2016 to early 2019 coincides with the emergence of the plasmid-carrying T13 clone. The unprecedented success of this genotype where an SXT-family integrative and conjugative element (SXT/ICE) and an IncC plasmid coinhabit show the stability of this MDR plasmid in the 7PET background, which may durably reduce options for epidemic cholera case management. We advocate a heightened genomic epidemiology surveillance of cholera to help control the spread of this highly-transmissible, MDR clone.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».