Identification of Novel Genes Associated with Partial Resistance to Aphanomyces Root Rot in Field Pea by BSR-Seq Analysis
Notice bibliographique
Résumé
Aphanomyces root rot, caused by Aphanomyces euteiches, causes severe yield loss in field pea (Pisum sativum). The identification of a pea germplasm resistant to this disease is an important breeding objective. Polygenetic resistance has been reported in the field pea cultivar ‘00-2067’. To facilitate marker-assisted selection (MAS), bulked segregant RNA-seq (BSR-seq) analysis was conducted using an F8 RIL population derived from the cross of ‘Carman’ × ‘00-2067’. Root rot development was assessed under controlled conditions in replicated experiments. Resistant (R) and susceptible (S) bulks were constructed based on the root rot severity in a greenhouse study. The BSR-seq analysis of the R bulks generated 44,595,510~51,658,688 reads, of which the aligned sequences were linked to 44,757 genes in a reference genome. In total, 2356 differentially expressed genes were identified, of which 44 were used for gene annotation, including defense-related pathways (jasmonate, ethylene and salicylate) and the GO biological process. A total of 344.1 K SNPs were identified between the R and S bulks, of which 395 variants were located in 31 candidate genes. The identification of novel genes associated with partial resistance to Aphanomyces root rot in field pea by BSR-seq may facilitate efforts to improve management of this important disease.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».