Driving the new generation histone deacetylase inhibitors in cancer therapy; manipulation of the histone abbreviation at the epigenetic level: an in-silico approach
Notice bibliographique
Résumé
Histone deacetylase (HDAC) is an enzyme that deacetylates the histone protein by removing the acetyl group from the lysine residues. The overexpression of the HDAC enzyme alters the gene expressions and causes cancer development in the human body. The inhibition of HDAC is an excellent therapeutic way in current cancer therapy. In this regard, various inhibitors were selected, and the inhibitory potential of these inhibitors was examined by molecular dynamics (MD) simulation followed by trajectory analysis and binding energy calculations. The selected clinical trial II and III phase inhibitors are TSA (trichostatin-A), TFMK (trifluoromethyl-ketone-9,9,9-trifluoro-8-oxo- N-phenylnonanamide), AKA (alpha-ketoamide- N-cyclohexyl- N-methyl-2-oxononanediamide), ITF2357 (givinostat), MS275 (entinostat), CI994 (tacedinaline), and SAHA (suberoylanilide hydroxamic acid). This computational study examines the atomic level description of the drug binding site on the HDLP enzyme and investigates the interaction of the HDAC inhibitors with the amino acid residues attached to the active site of the histone deacetylase-like protein (HDLP). Root-mean-square deviation, radius of gyration, hydrogen bond analysis, MM-PBSA, linear interaction energy (LIE), and semi-LIE calculations have revealed that the HDLP enzyme is more stabilized when bound to TSA, ITF2357, and reference inhibitor SAHA. It was observed that the hydroxamic acid family inhibitors have more potent in inhibiting the HDLP enzyme than the benzamide and ketone families. The inhibitory efficacy of TSA and ITF2357 is much similar to that of SAHA. Therefore, these HDAC inhibitors have the potential to be used in future clinical practices for cancer-related treatments. The knowledge gathered from this study could also lead to discovering new HDAC inhibitors for clinical research.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».